Handlung von Pokémon Super Mystery Dungeon

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Dieser Artikel erzählt die Handlung des Spiels Pokémon Super Mystery Dungeon. Das Spiel beginnt mit einem Fragebogen, durch den die Spezies des Protagonisten und der Partnerin ermittelt werden. Anschließend beginnt nach einem kurzen Intro die Hauptgeschichte, welche in 22 Kapitel und einen Epilog gegliedert ist.

Intro

Das Spiel beginnt mit einer kurzen Szene im Weltraum.

(Erzähler:) Alles Leben auf diesem Planeten, so erzählt man sich… …entspringe einem einzigen Quell. Unsere Sonne genauso wie die Sterne… …die Luft, das Wasser und natürlich auch die Pokémon… Sie alle, so sagt man, gingen auf ein und denselben Ursprung zurück…
Ein Deoxys löst sich von einem Meteoriten, der an der Erde vorbei treibt. Deoxys betrachtet die Erde und erblickt etwas, das auf es zukommt.
Deoxys: …! Ist das etwa…?!
Raaaaaaaaa!!
Ein Rayquaza fliegt ganz nah an Deoxys vorbei und verschwindet in den Tiefen des Weltalls.
Deoxys: Ist das etwa jenes Legendäre Pokémon…? Das ist also Rayquaza? Ich habe schon von ihm gehört… Aber erblickt habe ich es nun zum ersten Mal. Es ist so furchteinflößend, wie alle sagen… Eines jedoch verstehe ich nicht… Es heißt, Rayquaza lebe in der Ozonschicht… Weshalb hat es sich wohl jenseits der Stratosphäre gewagt? [blickt zur Erde] Irgendetwas muss vorgefallen sein… Dort unten auf diesem Planeten.
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Kapitel 1: Die Bewohner dieser Welt und ihr unerwarteter Besucher

Der Protagonist erwacht an einem Wasserfall in einem hügeligen Waldgebiet. Dort bemerkt er, dass er sich nur noch an seinen Namen erinnern kann, und stellt bestürzt fest, zu einem Pokémon geworden zu sein. Ohne Vorwarnung wird er von drei Megalon angegriffen. Als er vor ihnen davonrennt, trifft er auf ein Blanas und die beiden werden von den Megalon in den ersten Dungeon, den Einstiegspfad, getrieben. Dort erklärt Blanas dem Protagonisten, den er als Kind betrachtet, die Spielmechanik.

Nachdem sie den Einstiegspfad durchquert haben, legen die beiden eine Verschnaufpause ein. Als Blanas seinen Unmut darüber äußert, vom Protagonisten in diese Verfolgungsjagd verwickelt worden zu sein, erklärt ihm der Protagonist, dass er nicht wisse, warum die Megalon ihn angegriffen haben. Er erzählt Blanas außerdem von seinem Gedächtnisverlust sowie davon, früher ein Mensch gewesen zu sein. Da die Megalon sich wieder nähern, gehen sie weiter und betreten den nächsten Dungeon, den Immergrünen Wald.

Als auch der Immergrüne Wald hinter ihnen liegt, ist Blanas zuversichtlich, die Megalon abgeschüttelt zu haben. Er verabschiedet sich erst vom Protagonisten, bringt es schließlich aber nicht übers Herz, ihn allein zurückzulassen, und führt ihn zu seinem Heimatdorf Ruhenau, um ihn fürs Erste bei sich aufzunehmen.

(Erzähler:) So gelangte <Name des Protagonisten>, vormals ein Mensch, als Pokémon in diese Welt… …und fand sich nun, jeder Erinnerung beraubt, in Ruhenau wieder. Jenem Dorf, in dem <Name des Protagonisten> einem Pokémon begegnen sollte… …das sich fortan als treue Partnerin auf dem gemeinsamen Abenteuer erweisen würde.
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Kapitel 2: Begegnung mit <Name der Partnerin>

Artwork von Ruhenau

In Ruhenau angekommen folgt der Protagonist Blanas zu dessen Haus, wo dieser ihm eines seiner Zimmer überlässt. Blanas ist der Meinung, dass man den Dorfbewohnern nichts von den Megalon erzählen solle, um keine Angst zu schüren, und hegt die Hoffnung, dass der Protagonist sein Erinnerungsvermögen bald zurückgewinne und sich der Vorfall mit den Megalon dadurch klären ließe. Außerdem beschließt er, den Protagonisten in der Dorfschule anzumelden, und macht sich hierzu gleich auf den Weg. Entgegen Blanas’ ausdrücklichen Anweisungen verlässt der Protagonist das Haus, nachdem am Fenster ein unheimlicher Schatten zu sehen war.

Draußen trifft er auf seine Partnerin, welche sich ihm aufgeregt vorstellt und erzählt, dass sie mit ihrem „Opa“ im Nachbarhaus wohne. Sie fragt ihm Löcher in den Bauch und erklärt sich bereit, den Protagonisten im Dorf herumzuführen. Auf dem Dorfplatz stellt die Partnerin die Lagertruhe und den Kecleon-Laden vor, ihre Ausführungen werden jedoch von mehreren wütenden Dorfbewohnern unterbrochen, darunter ein Lombrero, ein Hippopotas und ihr Opa, ein Karippas. Sie erheben verschiedene Anschuldigungen gegen die Partnerin, zum Beispiel, dass sie Sinelbeeren aus Karippas’ Garten gefuttert habe, woraufhin diese die Flucht antritt, die Horde der aufgebrachten Dorfbewohner dicht auf den Fersen.

Der Protagonist nutzt diese Gelegenheit, um den Dorfplatz auf eigene Faust zu erkunden, und wird dabei auf eine Konversation zwischen zwei Dorfkindern aufmerksam, einem Sesokitz und einem Schnuthelm. Sesokitz macht Schnuthelm Vorwürfe, dass es gemeinsam mit einem Pam-Pam ein Viscora dazu gedrängt haben soll, alleine an einen gefährlichen Ort zu gehen. Der Protagonist macht sich Sorgen und beschließt, den beiden zu folgen, als Sesokitz sich von Schnuthelm zu besagtem Ort führen lässt.

In einem düsteren Wald treffen Sesokitz und Schnuthelm auf Pam-Pam und erfahren von ihm, dass Viscora noch nicht zurückgekehrt sei. Sesokitz möchte den Wald betreten und nach Viscora suchen, aber Schnuthelm und Pam-Pam halten das für zu gefährlich. Daraufhin bemerken sie den Protagonisten, welcher anbietet, selbst nach Viscora zu suchen, und nehmen seine Hilfe an. Sie erklären ihm, dass Viscora den Wald aufgrund einer Mutprobe betreten habe: Er soll dort ein Stück Papier finden, das Schnuthelm und Pam-Pam dort hinterlassen haben, seinen Namen darauf schreiben und es zurückbringen. Anschließend dringt der Protagonist tiefer in den Wald vor, welcher sich als ein Dungeon namens Gruseliger Wald herausstellt. An dessen Ende trifft der Protagonist auf das verängstigte Viscora, welches das Stück Papier bereits gefunden und auch seinen Namen darauf hinterlassen hat. Viscora ist erleichtert und die beiden kehren zu den anderen zurück. Pam-Pam und Schnuthelm sind beeindruckt, amüsieren sich allerdings über Viscoras krakelige Schrift. Sesokitz mahnt Viscora zu mehr Vorsicht, bedankt sich beim Protagonisten und fragt ihn nach seinem Namen, womit die Szene endet.

Am späten Abend schimpft Blanas mit dem Protagonisten, da er sich nicht an seine Anweisung gehalten hat, sieht aber auch das Positive in seinem Forscherdrang und drückt schließlich ein Auge zu. Tags darauf machen sich die beiden auf den Weg zur Schule, um den Protagonisten bei den Lehrern vorzustellen.

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Kapitel 3: Der Hügel mit dem großen Baum

Der Protagonist und Blanas treffen sich auf dem Schulgelände mit Direktor Sodachita und Konrektor Kukmarda, welche den Protagonisten willkommen heißen. Die Klasse des Protagonisten besteht aus den bereits bekannten Viscora, Sesokitz, Schnuthelm und Pam-Pam sowie einem Psiau und der Partnerin, welche von Kukmarda als Unruhestifterin bezeichnet wird. Letztere verspätet sich und rennt bei ihrer überhasteten Ankunft den Protagonisten um, der dadurch sein Bewusstsein verliert, aber kurz darauf wieder am Unterricht teilnehmen kann. Die Partnerin ist erleichtert, dass es dem Protagonisten wieder besser geht. Viscora und Sesokitz bedanken sich erneut bei ihm, während Pam-Pam und Schnuthelm abseits stehen und einen Plan auszuhecken scheinen.

Auf dem Heimweg sagt die Partnerin, dass sie dem Protagonisten einen „ganz, ganz tollen Ort“ zeigen möchte, ihr Vorhaben wird jedoch von Pam-Pam und Schnuthelm unterbrochen. Diese fordern den Protagonisten dazu heraus, einen weiteren Dungeon zu meistern, wohin die vier auch direkt aufbrechen, da die Partnerin von diesem Vorschlag begeistert ist. Bei diesem Dungeon handelt es sich um das Rotomurf-Bergwerk und Pam-Pams Auftrag lautet, ihm rote Steine aus einem abgesperrten Teil des Bergwerks zu bringen; dabei verschweigt er jedoch eine Gefahr, die sie in diesem Dungeon erwarten soll. Der Protagonist und die Partnerin schleichen sich an den Rotomurf vorbei, die den Eingang bewachen, und betreten so den Dungeon und wenig später auch den abgesperrten Teil.

Am Ende des Dungeons ist ein bedrohliches Knurren zu hören, woraufhin sich ein Knarksel zeigt, welches die Edelsteine als seinen Schatz betrachtet und den Protagonisten und die Partnerin daher angreift. Schließlich gelingt es den beiden, Knarksel zu erklären, dass sie ihm seine Edelsteine nicht wegnehmen wollen, und Knarksel zeigt ihnen seine Schatzkammer. Die Partnerin freut sich über den Anblick und bedankt sich beim Protagonisten für das gemeinsame Abenteuer. Anschließend brechen die beiden zu dem Ort auf, von dem die Partnerin zuvor sprach. Dabei durchqueren sie Ruhenau und lassen Pam-Pam und Schnuthelm verdutzt stehen, als die Partnerin ihnen berichtet, wie viel Spaß sie gehabt hätten.

Wie der Titel des Kapitels bereits verrät, handelt es sich bei dem „ganz, ganz tollen Ort“ um einen Hügel mit einem großen Baum, der einen schönen Blick auf ganz Ruhenau bietet. Zufrieden mit dem Erlebten betrachtet die Partnerin den Himmel und berichtet dem Protagonisten von ihrem Traum, dem Forscherteam beizutreten und so die Welt zu sehen und Abenteuer zu erleben. Trotz der Tatsache, dass sie als Kind dem Forscherteam nicht beitreten darf, lässt sie sich nicht entmutigen und glaubt an die Unterstützung des Protagonisten, welcher derweil eingeschlafen ist.

In der Nacht resümiert der Protagonist, dass die Pokémon-Welt wunderschön sei und er das Leben dort genieße, dennoch wird er weiterhin von Fragen gequält. Warum ist er in dieser Welt gelandet? Warum hat er sich in ein Pokémon verwandelt? Kann er bei Blanas bleiben, obwohl ihm die Megalon auf den Fersen sind? Abschließend folgt erneut eine kurze Szene im Weltall mit Rayquaza.

Rayquaza: Wa… Was?! Was war das?! D-Dieses… Dieses Gefühl… [Schwarzblende] Z-Zum ersten Mal… empfinde ich… Angst… Echte Angst…
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Kapitel 4: Praxisunterricht

Am nächsten Morgen erfährt der Protagonist durch einen Brief von Blanas, dass dieser ein paar Tage außer Haus ist, um etwas Dringendes zu erledigen, und wird bereits von der Partnerin erwartet, mit der er gemeinsam den Schulweg zurücklegt. Auf Porenta Lehrplan steht heute Praxisunterricht, das bedeutet, die Schüler sollen den Wald hinter der Schule erkunden und die Fahnen finden, die tief in diesem Dungeon aufgestellt wurden. Das Team des Protagonisten, das neben ihm aus der Partnerin und Viscora besteht, betritt daraufhin den Dungeon und versucht, die Fahnen schneller zu erreichen als das Team um Pam-Pam.

Als sie auf halbem Wege von Psiau telepathisch erfahren, dass sie hinten liegen, erhöht die Partnerin das Tempo, weshalb sie Viscora kurz vor dem Ziel aus den Augen verlieren. Vor lauter Wettkampfeifer stürmt die Partnerin jedoch weiter und freut sich ausgiebig darüber, die Fahnen noch vor Pam-Pam erreicht zu haben. Anschließend müssen sie ohne Viscora zur Schule zurückkehren, was Sesokitz und Porenta gar nicht erfreulich finden. Porenta betont, dass Teamwork wichtiger sei als einen Dungeon als Erstes zu schaffen, und schickt sie auf die Suche nach Viscora zurück in den Wald.

In der nächsten Szene befinden sich der Protagonist und die Partnerin wieder auf dem Heimweg und der Spieler erfährt, dass sie Viscora finden konnten, bevor ihm etwas zustieß. Die Partnerin macht sich Vorwürfe, anderen immer nur Schwierigkeiten zu bereiten, und fragt den Protagonisten nach seiner Meinung. Dieser möchte sie aufmuntern, da er bei sich eine Mitschuld für den Vorfall mit Viscora sieht, allerdings gelingt es ihm nicht so recht, seine Gefühle verständlich auszudrücken, und seine Antwort trifft die Partnerin hart. Sichtlich geknickt entschuldigt sich die Partnerin, dass sie immer so nerve, und geht allein nach Hause. Zum Ende der Szene werden die Bildschirme schwarz und ein unbekannter Charakter ergreift das Wort:

Muwahaha… MUWAHAHAHA! Auch hier herrschen negative Gefühle…! Die Kraft… Ich spüre, wie sie wächst…

Am nächsten Morgen wird der Protagonist wieder von der Partnerin begrüßt, die allerdings immer noch deprimiert ist und es daher vorzieht, den Weg zur Schule allein zurückzulegen. Als der Protagonist das Schulgelände erreicht, bekommt er mit, wie sich Pam-Pam und Schnuthelm über die Partnerin lustig machen. Sie möchte einem gewissen Forscherteam beitreten, was die beiden jedoch für absurd halten, da Kinder dem Forscherteam nicht beitreten könnten und sie nicht das Zeug zur Abenteurerin habe. Trotzig murmelt die Partnerin in sich hinein, dass man alles schaffen könne, wenn man nur wolle, und dass sie ihre Träume verwirklichen werde.

In einer späteren Schulstunde findet erneut ein Praxisunterricht statt, der dieses Mal von Kukmarda geleitet wird und in den Glitzerberg führt. Das Unterrichtsthema lautet „Ringel und Sipale“, eine neue Spielmechanik in Pokémon Super Mystery Dungeon. Wie Kukmarda illustriert, können Ringel von Pokémon getragen werden und besitzen Wölbungen, in die Sipale eingesetzt werden können, um mysteriöse Effekte zu entfalten. Sipale liegen auf dem Boden von Dungeons verstreut, verschwinden allerdings, sobald man den Dungeon verlässt.

Das Team aus dem Protagonisten, Psiau und Sesokitz erreicht schließlich den Gipfel des Glitzerbergs und kehrt erfolgreich zum Schulgelände zurück, wohingegen das andere Team aufgrund von Differenzen zwischen der Partnerin und Pam-Pam nicht erfolgreich abgeschnitten hat. Da die Partnerin schon gegangen ist, wird der Protagonist auf dem Heimweg von Sesokitz und Viscora begleitet. Sesokitz erkundigt sich, was mit der Partnerin los sei, woraufhin der Protagonist sie in sein Gespräch mit der Partnerin einweiht. Sesokitz und Viscora meinen hierzu, dass sie die Partnerin mögen und es Spaß mache, etwas mit ihr zu unternehmen, aber dass die Partnerin es manchmal übertreibe und sie dann lieber auf Abstand gehen, um nicht in eine gefährliche Situation zu geraten. Der Protagonist zieht hieraus die Schlussfolgerung, dass die Partnerin gar nicht so eng mit den anderen befreundet ist, wie er ursprünglich dachte.

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Kapitel 5: Die Freundschaftsschals

Als der Protagonist morgens aufsteht, ist Blanas wieder da und erkundigt sich fürsorglich, wie der Protagonist alleine zurechtgekommen sei, ob in der Schule alles in Ordnung sei und ob es bezüglich der Megalon oder seines Gedächtnisverlustes etwas Neues gebe. Auf dem Dorfplatz beobachtet der Protagonist ein Gespräch zwischen Karippas, Hippopotas, Lombrero und Knospi. Sie reden darüber, dass in den Nektarwiesen zu dieser Jahreszeit viele Pokémon wie Bibor und Wadribie zusammenkommen, um Nektar herzustellen. Dieser Nektar sei besonders lecker und nahrhaft, allerdings solle man die Nektarwiesen bis zum Ende der Nektarproduktion meiden, da die beteiligten Pokémon währenddessen ziemlich angespannt seien.

Als in der Schule alle vollzählig sind, bittet Sodachita die Schüler, ihre Plätze einzunehmen. Pam-Pam nutzt die Zeit bis zum Unterrichtsbeginn, um den Protagonisten nach seiner Herkunft zu fragen: „Kommst du vielleicht aus... ...Trubelstadt?“. Der Protagonist zögert, ob er die Wahrheit erzählen soll, da ihm womöglich niemand glauben würde, entschließt sich dann aber dazu. Wie erwartet fällt es den anderen schwer zu glauben, dass der Protagonist aus der Welt der Menschen gekommen sei, weshalb ihn Pam-Pam als schlechten Lügner beschimpft. Die Lehrer beenden den Aufruhr und Sodachita kommentiert, dass sich manchmal die unglaublichsten Dinge ereigneten – gerade das mache die Welt schließlich so spannend – und dass man die Dinge von mehreren Seiten betrachten sollte.

Später findet wieder Praxisunterricht bei Kukmarda statt, allerdings außerhalb eines Dungeons. Wachtmeister Magnezone sowie seine Kollegen Magnetilo und Magneton sind zu Besuch und demonstrieren den Einsatz von Attacken-Kombinationen.

Am nächsten Tag hält Ohrdoch eine Stunde zum Thema Entwicklung, die jedoch plötzlich von Roselia unterbrochen wird, da Knospi verschwunden ist. Nachdem sie erfahren hat, dass Knospi sich auch nicht in der Schule aufhält, wendet sie sich fort, um sie als vermisst zu melden. Doch schon nach kurzer Strecke erleidet sie einen Schwächeanfall, woraufhin Ohrdoch mit ihr ins Krankenzimmer geht, um sich um sie zu kümmern. Plötzlich fällt dem Protagonisten das Gespräch zwischen Knospi und den anderen Dorfbewohnern ein, woraufhin er vermutet, dass Knospi zu den Nektarwiesen aufgebrochen ist. Dies teilt er den anderen Schülern mit, welche ihm jedoch erneut nicht glauben. Daraufhin verlässt der Protagonist eilig das Schulgelände, um Knospi zu suchen. Kurz darauf wird er von der Partnerin angehalten, welche sich nun ebenfalls vom Schulgelände begeben hat und ihm mitteilt, dass sie ihm glaubt und mit ihm nach Knospi suchen wird. Zusammen machen sich die beiden auf den Weg zu den Nektarwiesen.

Nachdem der Protagonist und seine Partnerin den Dungeon gemeistert haben, entdecken sie Knospi, welche von einigen Bibor und Wadribie für einen Nektardieb gehalten wird. Als dann auch noch der Protagonist und die Partnerin dazustoßen, glauben sie es mit einer Bande zu tun zu haben, woraufhin sie angreifen. Nachdem die Wadribie und Bibor besiegt wurden, wollen sie erneut angreifen, um den Nektar zu beschützen, als Honweisel auftaucht und ihnen versichert, dass sie es nicht mit Nektardieben zu tun hätten und zur Zurückhaltung mahnt. Sie entschuldigt sich für die Unannehmlichkeiten und schenkt Knospi Nektar, nachdem sie deren Geschichte gehört hat.

Wieder zurück in Ruhenau ist Roselia sichtlich erleichtert, dass Knospi wieder da ist. Nachdem sie dem Protagonisten und der Partnerin eine Belohnung überreicht hat, ermahnt sie beide, dass sie noch Kinder seien und sich nicht unnötig in Gefahr begeben sollten. Da es bereits dunkel ist, beschließt der Protagonist nach Hause zu gehen, wird jedoch von der Partnerin angehalten, die ihm mitteilt, dass sie ihm glaube, dass er ein Mensch sei. Außerdem teilt sie dem Protagonisten ihren Traum, mit vielen verschiedenen Pokémon befreundet zu sein und gemeinsam Abenteuer zu erleben. Sie fragt den Protagonisten, ob dieser mit ihr befreundet sein wolle. Nachdem dieser bejaht, überreicht sie ihm als Zeichen der Freundschaft einen der beiden Schals, in denen sie ihr Großvater gefunden hatte. Zum Schluss teilt sie dem Protagonisten noch mit, dass sie ihn am darauffolgenden Tag zur Schule abholen würde.

Danach wechselt die Szene und man sieht ein Meer, in dem viele Pokémon, wie Liebiskus, herumschwimmen. Der Spieler sieht nun ein Jugong, welches von drei Lanturn begleitet wird und gegenüber diesen beteuert, die Wahrheit zu erzählen. Die Lanturn teilen Jugong ihre Zweifel an seiner Aussage offenkundig mit. Er führt sie in eine dunkle Stelle des Meeres, wo sich ein Felsen zu befinden scheint. Als die Lanturn ihre Lichter auf einen Punkt konzentrieren, erkennen sie jedoch, was vor ihnen liegt. Dabei handelt es sich um ein versteinertes Wailord.

Am nächsten Tag sieht man in einer anderen Szene ein Ampharos auf dem Hügel mit dem großen Baum stehen und auf Ruhenau herabschauen.

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Kapitel 6: Das Junior-Forscherteam

Als der Protagonist am nächsten Tag aufsteht, wird er von Blanas bewundernd auf seinen Schal angesprochen. Danach verlässt der Protagonist das Haus und wird von der Partnerin abgefangen. Zusammen machen sie sich auf den Weg zur Schule. Auf dem Dorfplatz treffen sie auf ein Ampharos, welches durch die Gegend torkelt. Nachdem sie festgestellt haben, dass mit Ampharos alles in Ordnung ist, stellt sich dieser ihnen als Stylisher Weltenbummler vor. Nach diesem kurzen Gespräch verlässt Ampharos den Dorfplatz und stößt dabei u. a. gegen den Kecleon-Laden, wobei er etwas fallen lässt. Die Partnerin hebt die seltsame Kristallkugel auf und bittet Hippopotas Ampharos darüber in Kenntnis zu setzen. Anschließend setzen der Protagonist und die Partnerin ihren Schulweg fort. Die Partnerin schlägt aufgrund der Ereignisse des vorangegangenen Tages vor, die Schule zu schwänzen, was der Protagonist jedoch für keine gute Idee hält. Auf dem Schulgelände angekommen beobachten der Protagonist und die Partnerin aus sicherer Entfernung, wie Kukmarda die Schüler begrüßt und sich über den Protagonisten und die Partnerin aufregt. Sie überlegen, ob sie zum Unterricht gehen und eine Standpauke erdulden oder schwänzen. Plötzlich werden sie von Psiau telepathisch benachrichtigt. Sie lenkt Kukmarda mit Komplimenten ab, wodurch der Protagonist und die Partnerin unbemerkt auf ihre Plätze gehen können. Als Kukmarda bei Unterrichtsbeginn die Anwesenheit beider bemerkt, ist er überrascht und hält beiden eine Standpauke, wobei er jedoch von Sodachita unterbrochen wird. Dieser teilt dem Protagonisten und der Partnerin mit, dass er über die Ereignisse Bescheid weiß, die Entscheidung beider nachvollziehen kann und eine Strafe für überflüssig hält. Daraufhin entschuldigt sich auch der Rest der Klasse für das gehegte Misstrauen. Anschließend findet der reguläre Unterricht statt.

Nach dem Unterricht beschließen der Protagonist und die Partnerin, nach Ampharos zu suchen, um ihm seine Kugel auszuhändigen. Auf dem Dorfplatz fällt der Partnerin ein, dass sie so eine Kugel im Kecleon-Laden gesehen hat, weshalb sie sich entschließen, Kecleon darüber auszufragen. Dieser erklärt ihnen, dass es sich bei der Kugel um eine Connexussphäre handelt, mit der sich die Verbindungen zwischen Pokémon darstellen lassen und welche nur im Besitz von Ladenbesitzern und Mitgliedern des Forscherteams aus Trubelstadt seien. Als ein Rattikarl ihnen erzählt, dass Ampharos ihm eben begegnet sei, beschließen der Protagonist und die Partnerin, diesem Hinweis nachzugehen. Am Dorfausgang treffen sie auf Karippas, welcher ihnen erzählt, dass er Ampharos gesehen habe, der auf dem Weg zum Quappo-Flüsschen war, verbietet ihnen jedoch, ihm zu folgen, da es aufgrund der Quappo-Brüder zu gefährlich sei. Trotz des Verbots brechen der Protagonist und die Partnerin zum Quappo-Flüsschen auf, an dessen Ende sie von den Quappo-Brüdern angegriffen werden. Nachdem diese besiegt werden konnten, richtet sich ein Quappo wieder auf und greift den Protagonisten an, wird aber von Ampharos, der dahinter aufgetaucht ist, niedergeschlagen.

Zurück in Ruhenau überreicht die Partnerin Ampharos dessen Connexussphäre und fragt ihn, ob er ein Mitglied des Forscherteams sei, was dieser jedoch verneint. Als die Partnerin ihre Enttäuschung darüber ausdrückt und Ampharos ihren großen Traum, Mitglied des Forscherteams zu werden, und dessen Hindernisse schildert, erzählt Ampharos ihr von der Möglichkeit, Junior-Mitglied des Forscherteams zu werden. Dafür überreicht er dem Protagonisten und der Partnerin die notwendige Ausrüstung und erklärt diese. Außerdem schenkt er ihnen seine Connexussphäre, in der auch eine Karte integriert ist. Nachdem der Protagonist und die Partnerin dann ihren Teamnamen festgelegt haben, machen sie sich aufgrund der Dunkelheit auf den Heimweg. Als Ampharos alleine ist, bekommt er einen Anruf von Dedenne, mit dem er sich über Ruhenau unterhält.

Nach dem Ende des Unterrichts des nächsten Tages machen sich der Protagonist und die Partnerin auf den Weg zum Dorfplatz, um mit der Arbeit als Junior-Forscher beginnen zu können. Am Dorfplatz angekommen treffen sie erneut auf Ampharos, der Chaos veranstaltend durch die Gegend torkelt. Sie erzählen ihm, dass sie heute mit ihrer Arbeit als Junior-Forscher-Team beginnen möchten. Ampharos erklärt dem Protagonisten und der Partnerin daraufhin, wie die Connexussphäre funktioniert und wie sie damit Aufträge anderer Pokémon annehmen können. Nun kann der Spieler erstmals selbst auf die Connexussphäre, die Auftragsliste, in der die aktuellen Aufträge vermerkt sind und auf die Karte zugreifen. Nach der Erklärung machen sich der Protagonist und die Partnerin auf, um Feelinara zu helfen, das sich in dem Dungeon Gruseliger Wald verlaufen hat. Zurück am Dorfplatz gratuliert Ampharos den beiden zum Erfüllen ihres ersten richtigen Auftrages und erklärt ihnen die Funktion der Verbindung mit Pokémon, denen man geholfen hat.

Am nächsten Tag verlassen der Protagonist und die Partnerin nach dem Unterricht die Schule und treffen am Dorfplatz ein, wo sie von Resladero darauf hingewiesen werden, dass sein Laden Attacken Zack Bumm nun eröffnet ist, wo sie sich bei Bedarf kostenlos wieder an alte Attacken erinnern können.

Am nächsten Morgen erzählt Blanas dem Protagonisten, dass er wieder etwas Wichtiges zu erledigen hätte und den Protagonisten wieder für einen Tag alleine lassen muss. Draußen vor dem Haus wartet bereits die Partnerin auf den Protagonisten, um zusammen mit ihm zur Schule zu laufen. Auf dem Weg fragt die Partnerin, ob der Protagonist alleine zu Hause wäre, nachdem er ihr erzählt, dass Blanas unterwegs ist, um etwas Wichtiges zu erledigen. Deswegen lädt sie ihn dazu ein, am Abend bei ihr zum Essen vorbeizukommen. Am kommenden Abend schlingen sich der Protagonist und die Partnerin den Bauch mit Karippas' Essen voll, der sich über das Kompliment der Partnerin über das Essen freut. Der Protagonist übernachtet in der Nacht im Haus der Partnerin, und sie gehen am nächsten Tag wie üblich gemeinsam zur Schule. Nach dem Unterricht unterhalten sich die Kinder darüber, dass ihnen die Hitze ziemlich zu schaffen macht. Mittlerweile ist Blanas wieder zu Hause, der auf seiner kleinen Reise etwas Köstliches zum Essen mitgebracht hat, woraufhin der Protagonist auf die Idee kommt, die Partnerin und Karippas einzuladen, um sich für das gestrige Essen zu revanchieren. Am nächsten Tag beendet Porenta den Unterricht und die Sommerferien beginnen.

Kapitel 7: Sommerferien

Der Protagonist und die Partnerin sind auf dem Weg zum Dorfplatz, wo sie auf Ampharos treffen, der Ruhenau wieder verlassen möchte. Sie verabschieden sich von ihm und gehen wieder ihrer Arbeit als Junior-Forscher nach. Am nächsten Tag treffen der Protagonist und die Partnerin am Dorfplatz auf Schnuthelm und Pam-Pam, die ihnen davon erzählen, dass es nachts in ihrer Schule spucken soll und jemand immer wieder „Brenne“ rufen soll, woraufhin Pam-Pam die Partnerin mit einem lauten „BUHHHHHHHHHH“ erschreckt, weswegen sie in Ohnmacht fällt. Nachdem die Partnerin wieder zu sich gekommen ist, gesteht sie, dass Gruselgeschichten zu viel für sie sind und dass ihr die Lust auf die heutigen Aufträge vergangen ist. Sie entschuldigt sich beim Protagonisten und bittet ihn, am nächsten Tag weiterzumachen.

Bei Einbruch der Nacht wird die Schule gezeigt, in der Konrektor Kukmarda im Auftrag des Rektors Sodachita aufgrund der Geistergeschichten nach dem Rechten schauen soll. Er ist verärgert, glaubt nicht an den Spuk und will sich daraufhin auf den Weg zum Café machen, woraufhin er jemanden „Brenne“ sagen hört. Nachdem er sich verwundert fragt, ob da jemand etwas von sich gegeben hat, kommen erneut die Geräusche „Brenne... Buhuhuuu...“. Kukmarda läuft daraufhin nach draußen, um zu schauen, wo diese Geräusche herkommen. Wieder hört er „Brenne, Brenne“, woraufhin er sich umdreht, die Sicht auf den Sternenhimmel übergeht und Kukmarda plötzlich ein lautes „AHHHHHHHHHHHHHHHHHH“ von sich gibt.

Am nächsten Morgen ist die Partnerin wieder munter drauf und bereit für weitere Aufträge. Am Dorfplatz angekommen treffen sie auf Rattikarl und Lombrero, die ihnen davon erzählen, dass Kukmarda am Morgen bewusstlos in der Schule gefunden wurde. Sie meinen an der ganzen Sache wäre vermutlich nicht viel dran und Kukmarda sei vermutlich nur eingeschlafen.

Bei Einbruch der Nacht sind Ohrdoch und Porenta im Lehrerzimmer der Schule, um nach dem Rechten zu sehen. Nachdem sie sich darüber unterhalten, was wohl mit Kukmarda in der vergangenen Nacht passiert sein könnte, erzählt Ohrdoch Porenta von den Geistergeschichten, die er nicht glaubt. Plötzlich ertönt ein „Brenne“ und Porenta schaut draußen nach, woher dieses Geräusch gekommen ist, während Ohrdoch drinnen im Lehrerzimmer bleibt. Plötzlich hört sie Porenta schreien und läuft raus, jedoch ist Porenta verschwunden.

Am nächsten Morgen treffen der Protagonist und die Partnerin auf Sesokitz und Viscora, die auf dem Weg zur Schule sind. Sie beschließen, zu viert dorthin zu gehen. In der Schule angekommen unterhält sich Wachtmeister Magnezone mit Ohrdoch und Sodachita über die vergangene Nacht und Porentas Verschwinden. Plötzlich taucht Magneton auf und erzählt Magnezone, dass ein Augenzeuge Porenta an der Weggabelung außerhalb des Dorfes gesehen habe. Angeblich sei er von etwas Unsichtbarem, das in blaue fahle Flammen gehüllt gewesen sei, weggeschliffen worden. Daraufhin schickt der Wachtmeister alle Anwesenden nach Hause und beendet die Diskussion.

Am nächsten Morgen wird der Protagonist vor Blanas' Haus von der Partnerin, Sesokitz und Viscora überrascht, die ihm erzählen, dass Porenta am Seeufer gefunden worden ist, woraufhin sie sich auf den Weg dorthin machen. Dort angekommen erzählt Porenta, dass er sich kaum noch an etwas erinnert, außer dass er in einem dunklen Raum festgehalten wurde. Die versammelten Pokémon werden leicht unruhig, woraufhin Sodachita versucht sie zu beruhigen und jedem verbietet, nachts das Schulgelände zu betreten, um so zu versuchen, dem Spuk ein Ende zu setzen. Er beendet die Diskussion und alle bis auf die Kinder bleiben am Ufer. Sie fragen sich, was wirklich mit Porenta passiert sein könnte. Pam-Pam macht der Partnerin und Viscora daraufhin erneut mit den Geistergeschichten Angst und verschwindet mit Schnuthelm.

Am nächsten Morgen treffen der Protagonist und die Partnerin auf Schnuthelm, der ihnen erzählt, dass Pam-Pam alle zusammenrufen will, um ihnen etwas zu erzählen. Sie machen sich auf den Weg dorthin.

Kapitel 8: Die Mutprobe

Nachdem Pam-Pam alle Kinder zusammen trommeln lassen hat, erzählt er ihnen von seinem Vorhaben, eine Mutprobe mit ihnen zu machen. Alle sollen bei Nacht das Schulgelände betreten, um sich ihren Ängsten zu stellen und gleichzeitig herauszufinden, ob an den Geschichten etwas Wahres dran ist. Die Partnerin fürchtet sich von allen am meisten davor, geht jedoch trotzdem mit.

In der kommenden Nacht treffen sich der Protagonist und die Partnerin hinter Blanas' Haus. Nachdem sie an der Schule angekommen sind, treffen sie auf die restlichen Kinder, die bereits dort auf sie warten. Sie versammeln sich alle an ihren Plätzen, woraufhin Pam-Pam versucht, die Geister herauszulocken, indem er sie ruft. Die Partnerin wird aufgrund der Angst, dass wirklich etwas passieren könnte, ohnmächtig. Nachdem Pam-Pam über sie herzieht und vorschlägt, wieder nach Hause zu gehen, ertönt ein „Brenne“. Pam-Pam denkt Schnuthelm hätte etwas gesagt, jedoch verneint dieser dies. Erneut kommen Geräusche auf. Plötzlich erscheinen fahle blaue Flammen, die die Kinder umzingeln. Eine Stimme sagt, dass sie sich nicht mit „ihm“ hätten anlegen sollen. Düsterer lilafarbener Rauch kommt auf und der Schatten eines Giratina erscheint. Nachdem Pam-Pam anfängt zu schreien, wird der Bildschirm für einen Moment schwarz. Zu sehen sind daraufhin der Protagonist, die Partnerin, Viscora und Sesokitz, die ohnmächtig auf ihren Plätzen liegen. Nachdem der Protagonist und die anderen wieder zu sich gekommen sind, fragen sie sich, wo Pam-Pam, Schnuthelm und Psiau sind. Daraufhin taucht Psiau auf und erzählt, dass sie Pam-Pam und Schnuthelm, die entführt worden sind, verfolgt hat. Nachdem die anderen fragen, wo die zwei hingebracht wurden, bringt Psiau sie zum Modrigen Mausoleum, wo sie die beiden zuletzt gesehen hat. Sie beschließen all ihren Mut zusammenzunehmen und hinein zu gehen, um ihren Klassenkameraden zu helfen! Am Ende des Dungeons hören sie Stimmen in einem Raum. Dort angekommen hören sie die Stimmen von Pam-Pam und Schnuthelm, die mit ihnen sprechen, jedoch sind sie nicht zu sehen. Giratinas Schatten taucht plötzlich wieder auf und schlägt vor die Kinder, die gekommen sind, um Pam-Pam und Schnuthelm zu retten, gehen zu lassen, wenn sie ihm die Seelen der beiden überlassen. Die Partnerin nimmt plötzlich all ihren Mut zusammen und lehnt das Angebot ab. Sie sieht Pam-Pam und Schnuthelm als ihre Freunde an, obwohl sie immer gemein zu ihr waren. Lichtel tauchen daraufhin auf und umzingeln die Kinder und der Kampf gegen Giratina beginnt. Nachdem Giratina besiegt worden ist, stellt sich heraus, dass es sich dabei in Wirklichkeit um ein Monozyto handelt, das ein Trugbild eines Giratina erschaffen hatte, um anderen Angst zu machen. Die Lichtel an seiner Seite erzählen den Kindern, dass sie von Ort zu Ort reisen, um Pokémon auf der ganzen Welt zu erschrecken, da sie sich von der Furcht der Pokémon ernähren. Nun bereuen sie ihre Taten jedoch und bitten die Kinder, sie nicht zu verraten, damit sie weiter dort leben können. Die Partnerin erlaubt es ihnen unter der Bedingung, dass sie den Pokémon, die sie erschrecken, ab und zu auch Gutes tun, um einen Ausgleich zu schaffen. Nachdem alle einverstanden sind, gehen die Kinder nach Hause. Karippas und Blanas haben bemerkt, dass der Protagonist und die Partnerin verschwunden waren und so hält Karippas ihnen eine Standpauke. Nachdem die Partnerin einschläft, muss sich der Protagonist alleine die Standpauke von Karippas bis in die frühen Morgenstunden anhören.

Kapitel 9: Die heilige Stätte des Dorfes

Am nächsten Morgen spricht Blanas mit dem Protagonisten über die Standpauke des vorherigen Tages und meint, dass er die Aktion der Kinder nicht so schlimm sieht wie Karippas und es gut findet, wenn Kinder Neugierde zeigen und Abenteuer erleben wollen. Als der Protagonist zum Haus der Partnerin läuft, um sie abzuholen, hört er von draußen, wie sie drinnen mit ihrem Großvater spricht. Sie muss für die vergangene Nacht als Strafe den ganzen Tag das Haus putzen, weswegen sie nicht zusammen mit dem Protagonisten raus kann. Der Protagonist spricht mit den Kindern des Dorfes und sucht sich eines der Kinder als vorübergehenden Partner für den Tag aus. Nachdem mit diesem dann ein Auftrag beendet wurde, läuft der Protagonist nach Hause, wo er dann vor Blanas' Haus von der Partnerin aufgehalten wird, die ihre Strafe endlich beendet hat. Blanas kommt aus dem Haus und bestätigt erneut, dass er es gut findet, wenn Kinder neugierig und abenteuerlustig sind, jedoch in Maßen. Nachdem er erzählt, dass das vermutlich daran liegt, dass er auch der abenteuerlustige Typ ist, fragt ihn die Partnerin, welchen Ort er denn gerne einmal erkunden möchte. Er erzählt, dass er gerne auf den heiligen Segensberg möchte, der in der Nähe des Dorfes liegt. Die Partnerin fragt ihn geschockt, warum er gerade dorthin möchte, da es verboten sei, ihn zu betreten. Er erzählt, dass er noch nicht lange im Dorf lebt und nicht genau weiß, was es mit dem Berg auf sich hat, was ihn neugierig mache.

Am nächsten Morgen treffen der Protagonist und die Partnerin am Dorfplatz auf Lombrero, Rattikarl, Roselia und Hippopotas, die mit einem Pelipper sprechen. Als die Partnerin fragt, ob irgendwas passiert sei, erzählen sie ihr und dem Protagonisten, dass sich Fälle häufen, in denen Pokémon aus aller Welt zu Stein verwandelt werden. Die Partnerin erzählt, dass sie gerne die Welt erkunden würde, woraufhin die anderen Pokémon versuchen, ihr dies auszureden, da sie auch zu Stein verwandelt werden könnte.

Auf dem Heimweg treffen der Protagonist und die Partnerin auf Karippas und die Partnerin fragt ihn, was der Segensberg für ein Ort sei. Er erzählt, dass der Berg seit Generationen von den Bewohnern in Ruhenau geschützt werde und ihn niemand betreten dürfe. Er selbst weiß jedoch auch nicht, was sich auf dem Berg befindet und rät den beiden nicht dorthin zu gehen.

Am nächsten Morgen planen der Protagonist und die Partnerin am Dorfplatz, was sie am heutigen Tag machen wollen, woraufhin Blanas die zwei unterbricht und zu sich ruft, um ihnen heimlich etwas zu erzählen.

Es geht darum, den Segensberg zu besteigen. Blanas hat die Vermutung, dass der Protagonist, der als Pokémon verwandelt aus der Welt der Menschen gekommen ist, eventuell etwas mit dem Segensberg zu tun haben könnte und will deshalb dort nach Informationen suchen. Die drei machen sich auf den Weg. Dort angekommen verstecken sie sich hinter Kisten vor Hippopotas, der Wachdienst am Tor hat. Blanas überlistet ihn, indem er behauptet, dass er anstelle von Hippopotas eigentlich Wachdienst hätte und lockt ihn somit weg, damit die drei den Segensberg betreten können. Nach dem Dungeon kommen sie erneut an einem Tor an, das diesmal von weitaus mehr Pokémon bewacht wird. Blanas bricht die Erkundung ab und alle drei gehen gemeinsam zurück in das Dorf. Blanas geht sich daraufhin bei Hippopotas für das Durcheinander mit der Einteilung entschuldigen und der Protagonist und die Partnerin machen sich auf den Heimweg.

In der Nacht sieht man den Protagonisten über die Erkundung nachdenken. Er ist enttäuscht, noch immer nichts darüber herausgefunden zu haben, warum er in der Welt der Pokémon gelandet ist. Er denkt an die Megalon, die noch immer hinter ihm her sind und beschließt, das Dorf bald zu verlassen, um die Dorfbewohner und seine Partnerin vor ihnen zu schützen.

Kapitel 10: Zeit des Abschieds

Morgens hören der Protagonist und seine Partnerin von Rattikarl und Roselia, dass sich zwielichtige Typen in der Nähe des Dorfs aufhalten. Ihre Beschreibung passt auf die Megalon, wie der Protagonist feststellt.

Abends spricht die Partnerin davon, dass sie bald vollwertige Forschungsteammitglieder werden könnten. Sie freut sich, was im Protagonisten die Angstgefühle hochkommen lässt, die Megalon könnten das Dorf angreifen. Deshalb erzählt er ihr von den Megalon, dass sie nun um das Dorf herumlungern und er deshalb gehen will. Die Partnerin wird dadurch traurig gestimmt, versteht ihn aber und möchte deshalb einfach mitkommen. Um alles mit ihrem Opa Karippas zu klären, geht sie nun nach Hause, während auch der Protagonist mit Blanas darüber spricht. Blanas ist jedoch dagegen, dass der Protagonist geht, da er Ausharren für die beste Strategie hält, was das junge Pokémon in der Nacht wach hält.

Am nächsten Morgen hört der Protagonist aus dem Haus seiner Partnerin einen Streit zwischen ihr und Karippas über das Verlassen des Dorfes. Wütend verlässt die Partnerin schließlich das Haus und meint, sie sollten zusammen auf dem Dorfplatz nachfragen, ob die anderen Pokémon ihnen das Reisen zutrauen. So könnten sie ihren Großvater überzeugen, meint sie. Während die Kinder der Idee nicht abgeneigt sind, halten tatsächlich alle Erwachsenen das Ganze für einen schlechten Vorschlag, was die Partnerin ins Grübeln bringt. Jedoch ist es ihr Traum, das Dorf zu verlassen und Teil des Forscherteams zu werden. Bei dieser Gelegenheit erzählt der Protagonist, dass Blanas ihm auch verboten hat, zu gehen. Enttäuscht kehren beide nach Hause zurück, wobei der Protagonist das Gefühl hat, beobachtet zu werden.

Die Partnerin eröffnet am nächsten Abend, trotz Verbots das Dorf verlassen zu wollen. Sie will nachts heimlich davonschleichen, um nach Trubelstadt zu gehen und dem Pokémon-Forscherteam beizutreten. Der Protagonist stimmt der Idee zu und will seine Partnerin begleiten. Als sie dann nach Hause gehen, hat der Protagonist erneut das Gefühl, beobachtet zu werden. Nachts verlassen die Pokémon dann ihre Behausungen, auch wenn sie traurig darüber sind, ohne Verabschiedung zu gehen. Die Partnerin schlägt aber vor, noch ein letztes Mal zum Hügel mit dem großen Baum zu gehen und die Aussicht zu genießen. Dort denken sie über die vergangenen Abenteuer und ihre Freunde und Familie nach, bevor sie das Dorf verlassen wollen. Am Tor werden sie jedoch von ihren Freunden aus der Schule aufgehalten, die sie verabschieden. Sie haben sogar Briefe der Erwachsenen dabei, die ebenfalls von den Plänen der Pokémon erfahren haben und sie verabschieden wollen. Selbst Karippas und Blanas haben Botschaften für ihre Schützlinge. Nach der Verabschiedung verlassen Protagonist und Partnerin Ruhenau und begeben sich auf die lange Reise nach Trubelstadt.

Kapitel 11: Der Weg über den Berg

Zusammen durchqueren der Protagonist und die Partnerin den Zerklüfteten Gebirgspass, bis sie vor einer Höhle eine Pause einlegen und die Partnerin mehr vom Pokémon-Forscherteam erzählt. Am nächsten Tag gehen sie dann durch die Idyllische Höhle, nach deren Ende sie von einer Klippe aus einen ersten Blick auf Trubelstadt werfen können, bevor sie die Stadt schließlich erreichen. Dort treffen sie auf dem Dorfplatz ein Rokkaiman, das von ihnen Poké haben will. Bevor es jedoch zu Handgreiflichkeiten kommt, werden die drei gleich zweimal von einer Horde Pokémon umgerannt, die einem Flauschling hinterherlaufen. Dadurch vergeht Rokkaiman die Lust am Überfall und es zieht sich ins Café zurück, während Protagonist und Partnerin weiter das Forscherteam suchen wollen.

Sie finden schließlich das Hauptquartier des Forscherteams, jedoch scheint niemand da zu sein, weshalb sie sich erst einmal alleine umsehen. Auf der ersten Etage entdecken sie den von der Partnerin begehrten Katschak-Turm, als schließlich auch die Horde der Pokémon mit dem Flauschling von zuvor auftaucht. Es handelt sich um Mitglieder des Forscherteams, die Flauschling dafür schelten, alle Süßigkeiten gegessen zu haben. Ein aus Wut losgelassener Elektro-Angriff von Dedenne trifft dabei versehentlich den Katschak-Turm, der dadurch zerstört wird. Aufgrund des Hungers durch die fehlende Nahrung kippen die Mitglieder nun um, sodass der Protagonist und die Partnerin sich bereit erklären, in der Stadt für Essen zu sorgen. Letztlich bekommen die Forscherteam-Mitglieder ihr Essen und erfahren, dass der Protagonist und seine Partnerin ihnen beitreten wollen. Laut den Regeln ist es eigentlich verboten, Kinder aufzunehmen, doch Ampharos, welches plötzlich mit Flunkifer zusammen im Speisesaal auftaucht, erlaubt es ihnen. Ampharos begrüßt die Kinder, die es aus Ruhenau kennt und gibt sich als Teamleiter des Forscherteams zu erkennen. Es nimmt sie offiziell in ihr Team auf, weshalb sich nun alle Mitglieder offiziell vorstellen. Daraufhin wird Protagonist und Partnerin ihr neues Zimmer gezeigt und sie schlafen, um am nächsten Tag fit zu sein.

Kapitel 12: Der Alltag im Forscherteam

Am nächsten Tag erhalten der Protagonist und die Partnerin direkt ihre erste Aufgabe: Sie sollen Jirachi im obersten Stockwerk aufwecken. Das Pokémon schläft nämlich und greift die Kinder im Schlaf sogar an, weshalb sie es bekämpfen müssen. Nachdem sie es besiegen und aufwecken konnten, sieht es sich den zerstörten Katschak-Turm an und erklärt Ampharos, ihn bis zum nächsten Tag repariert zu haben. Protagonist und Partnerin sollen derweil Aufträgen nachgehen.

Nach dem Abendessen geht es ins Bett und am nächsten Morgen zeigt Jirachi die Reparaturen am Katschak-Turm. Der Turm funktioniert zwar wieder, jedoch muss das Kartografieren neu begonnen werden, wofür der Protagonist und die Partnerin ausgewählt werden. Der Protagonist setzt dazu seine Connexussphäre in den Turm ein, um sie zu synchronisieren. Zudem erhält er von Ampharos ein weiteres Gadget, durch das man mit Dedenne kommunizieren kann, eine Weltkarte erhält und nun einen Forscherteam-Rang besitzt.

Zwei Tage später treffen Protagonist und Partnerin in der Stadt abermals auf Rokkaiman, der sie erneut um Poké erleichtern möchte. Diesmal kommt jedoch Bamelin hinzu und rät Rokkaiman, die neuen Forscherteam-Mitglieder in Ruhe zu lassen. Doch auch Rokkaimans Boss Rabigator schaltet sich nun ein und meint seinerseits zu Bamelin, sich zurückzuhalten. Nachdem die Boden-Pokémon wieder gegangen sind, erklärt Bamelin, dass man vor allem auf Rabigator aufpassen sollte. Beim Abendessen unterhalten sich der Protagonist und die Partnerin mit Flapteryx, das erzählt, meist jenseits des Meeres zu forschen. Es lädt sie dazu ein, am nächsten Tag mit ihm und Lapras zu einem anderen Kontinent aufzubrechen.

Kapitel 13: Auf zu neuen Ufern!

Am nächsten Morgen begeben sich die drei Pokémon zu Hafen und stellen sich Lapras vor. Es erklärt das Pass-System, weswegen Flapteryx ihnen bei Kecleon einen kauft, sodass der Protagonist und seine Partnerin auch fortan Lapras Interkontinental nutzen können und sich auf den Weg machen.

Unterdes fliegen irgendwo Latias und Latios, wobei Latias Ermüdungserscheinungen zeigt. Latios ermutigt es jedoch, da sie unbedingt zum Zeitreise-See müssen.

Nach einer langen Überfahrt erreichen der Protagonist und die anderen schließlich den Windkontinent und legen bei Param an. Sie sehen sich ein wenig um, doch Dungeons besuchen möchte Flapteryx nicht. Als sie dann wieder gehen wollen, hören sie ein Gespräch von Stadtbewohnern über versteinerte Pokémon. Sie fragen nach und erfahren, dass tatsächlich jemand Pokémon in Stein verwandelt und ein Flammendämon mit im Spiel sein sollte. Einige behaupten, dieser Dämon solle Pokémon verbrennen und sie so zu Stein verwandeln. Es scheint auch, dass hauptsächlich Legendäre und Mysteriöse Pokémon ins Visier geraten und der Flammendämon beim Okkulten Hain gesehen worden sein soll. Im Inneren dieses Hains befindet sich der Zeitreise-See, wo sich das Mysteriöse Pokémon Celebi aufhält. Sie fragen sich, ob der Flammendämon Celebi als nächstes attackiert, doch niemand traut sich hinein, um nachzusehen. Plötzlich hören sie ein lautes Geräusch und die Pokémon wenden sich gen Himmel, wo etwas Richtung Okkulter Wald abstürzt. Die Stadtbewohner sind in heller Aufregung, weshalb Flapteryx sie beruhigt und erklärt, dass das Forscherteam ein Bild der Lage machen wird. Eigentlich möchte Flapteryx Protagonist und Partnerin nicht mitnehmen, doch die Partnerin bittet mehrmals und schließlich begeben sie sich zu dritt in den Dungeon. Dort finden sie schließlich ein versteinertes Latios, das zuvor vom Himmel gefallen war. Da es jedoch zwei Pokémon im Himmel waren, suchen Protagonist und Partnerin das zweite, während Flapteryx bei Latios bleibt und sich überlegt, warum Latios hier war und ob es flüchtete. Während Flapteryx über die Situation sinniert, kommt ihm die Erkenntnis, dass es die Kinder tatsächlich alleine weiter geschickt hat und läuft ihnen hinterher.

Tiefer im Wald finden die Kinder auch das versteinerte Latias, als plötzlich eine Stimme zu ihnen spricht und sich ein Feuerball vor ihnen zeigt. Aus dem Feuerball erscheint Entei, das glaubt, die Kinder seien für die Versteinerungen verantwortlich. Entei will einen Kampf beginnen, doch Flapteryx schaltet sich ein und befiehlt den Kindern, sich zurückzuziehen. Flapteryx erklärt, zum Forscherteam zu gehören, wovon Entei tatsächlich gehört hat. Das Legendäre Pokémon erkennt die wahre Situation und meint, wenn Celebi nicht da ist, hat es keinen Grund zu bleiben, weshalb es wieder mittels Feuerball verschwindet. Dabei meint es, bei der nächsten Begegnung keine Gnade zeigen zu wollen. Flapteryx zeigt sich erleichtert, da es tatsächlich Angst vor dem Pokémon hatte, bevor sie zurück zur Stadt gehen. Dort erzählen sie ihre Geschichte und reisen schließlich zurück zum Hauptquartier, wo sie nach dem Abendessen direkt ins Bett gehen. Die Partnerin schreibt die Ereignisse vor dem Schlafen noch in ein Tagebuch und stellt sich damit als Erzählerin der Geschichte heraus.

Währenddessen erzählt Flapteryx Ampharos und den anderen von den Ereignissen, wobei sie sich einig sind, dass Ampharos das weitere Geschehen planen soll. Der Teamleiter verlässt die Besprechung schließlich aus einem Hungergefühl heraus und plündert die Vorräte, wobei es über Entei nachdenkt. Dabei wird es von Flauschling ertappt, was ihm jedoch nichts ausmacht.

Am nächsten Abend erklärt Dedenne im Namen des Teamleiters, dass sie in zwei Tagen zu einer Exkursion aufbrechen werden. Nach einem weiteren Tag gibt es am nächsten Abend noch ein paar Hinweise von Dedenne, bevor am folgenden Tag die Exkursion beginnt.

Kapitel 14: Die Exkursion

Die Exkursion beginnt, wobei Dedenne und Jirachi zurückbleiben, da Dedenne den Funkverkehr überwacht und Jirachi weiter den Lauf der Sterne beobachten muss. Mit Lapras geht es schließlich durch einen Sturm, bis die Truppe auf der Feuerinsel ankommt. Von dort aus müssen sie einen Berg hinaufsteigen, bis sie den Gipfel des Vulkans erreichen. Dafür hatte Ampharos im Vorhinein recherchiert und mehrere Wege zum Gipfel gefunden. Deshalb teilen sie sich in mehrere Teams auf, die getrennt nach oben klettern. Ein Team besteht aus Flapteryx, Scoppel und Flauschling, das andere aus Bamelin, dem Protagonisten und der Partnerin. Ampharos geht indes mit Flunkifer zusammen. Bevor die Teams nach oben gehen, besprechen sie ihre Taktik, wobei Ampharos noch einmal Bamelin bittet, auf den Protagonisten und seine Partnerin aufzupassen und sich zurückzuhalten, sollten sie „ihm“ begegnen.

Im Vulkan trifft die Gruppe um den Protagonisten auf Magbrant, das das Revier des Meisters der Feuerinsel beschützt und deshalb mit vier Magmar einen Kampf beginnt. Nach dem Kampf zeigt sich die Partnerin nachdenklich darüber, dass sich ihnen dauernd Gegner in den Weg stellen, obwohl dies eigentlich nur eine Exkursion ist. Bamelin reagiert nervös und meint, es selbst habe keine Ahnung, aber der Teamleiter werde wissen, was er tut. Sie begeben sich schließlich auf den Gipfel des Vulkans und treffen dort auf Entei. Das Legendäre Pokémon erkennt den Protagonisten und die Partnerin und meint, sie bereits letztes Mal gewarnt zu haben und nun keine Gnade zeigen zu wollen. Bamelin geht dazwischen und erklärt, es zum Kampf herausfordern zu wollen. Entei greift an, doch Bamelin kann den Angriff abwehren und zurückschlagen. Schließlich unterliegt Bamelin jedoch und Entei will es zu Ende bringen, doch der Protagonist und die Partnerin retten es und kämpfen selbst. Mitten im Kampf zeigt sich, dass der Protagonist und die Partnerin unterlegen sind, weshalb Entei nun den Protagonisten töten möchte. Doch bevor es dazu kommt, aktiviert sich in einem unbekannten Baum ein Licht, welches auch aus dem Schal des Protagonisten und der Partnerin heraus scheint. Das Licht aktiviert eine Entwicklung der beiden zu ihrer finalen Form und der Kampf geht weiter. Mit den zusätzlichen Kräften können sie Entei schließlich besiegen, wonach sie wieder in ihre ursprüngliche Form zurückkehren. Plötzlich erscheint Ampharos mit Flunkifer und beendet einen weiteren Angriffsversuch von Entei. Die Legende greift nun sie an, doch Flunkifer kann den Angriff diesmal abwehren. Ampharos erklärt, sie wollten lediglich herausfinden, ob sie gegen es kämpfen müssen oder nicht. Wenn es jedoch hinter den Versteinerungen stecken würde, wäre all dies nicht passiert. Entei meint, sie zu verstehen, erklärt aber, sie sollen sein Revier verlassen, wozu Ampharos sein Wort gibt. Schließlich kümmern sich die Pokémon nun um das verletzte Bamelin und wundern sich über das Geheimnis der Freundschaftsschals von Protagonist und Partnerin. Als auch die anderen Pokémon am Gipfel ankommen, werden sie über die Situation informiert und Ampharos erklärt die Exkursion für beendet. Allerdings essen sie erst gemeinsam etwas, bevor sie nach Trubelstadt zurückkehren.

Der Baum, durch den dasselbe Licht der Entwicklung wie bei den Schals geschienen hat, zeigt sich nun von dunkler Materie angegriffen.

Am nächsten Tag stöhnen die Pokémon aus Trubelstadt unter der Hitze der Sonne und Jirachi meint durch das Teleskop schauend, die Sonne bewege sich auf sie zu. Plötzlich hört es die Stimme eines Pokémon und erkennt aus dem Fenster heraus Besuch. Es handelt sich um Blanas, das gekommen ist, um den Protagonisten zu besuchen. Der kommt gerade mit seiner Partnerin von einem Auftrag zurück und begrüßt den alten Freund. Die Kinder erzählen von den bisherigen Ereignissen und stellen Jirachi Blanas vor. Blanas erkundigt sich auch nach dem Gedächtnis des Protagonisten und den Megalon, doch von beidem gibt es bisher keine Spur. Darauf angesprochen erzählen sie auch Jirachi davon, dass der Protagonist eigentlich ein Mensch ist und von den Angriffen der Megalon. Blanas verabschiedet sich wieder und die anderen begeben sich zum Abendessen, wo auch die anderen die Geschichte um den Protagonisten erfahren.

Abends am folgenden Tag erkennen Protagonist und Partnerin, dass die Hitze immer stärker wird. Auch hört der Protagonist in der Stadt erneut von versteinerten Pokémon, was ihn an Latios und Latias denken lässt und dass Entei scheinbar nicht der Verursacher der Versteinerungen ist.

Mitten im Meer ist nun Kyogre zu sehen, das von versteinerten Pokémon gehört hat. Auch Lugia, Arktos, Zapdos, Lavados, Zekrom, Reshiram und Dialga haben in ihren jeweiligen Heimaten von versteinerten Pokémon gehört und fragen sich aufgrund der Tatsache, dass hauptsächlich Legendäre Pokémon versteinert werden, wer sie jagt und wer der nächste sein wird.

Am nächsten Morgen erzählt Ampharos dem Forscherteam von Ankündigungsschreiben, durch die der Täter seine Versteinerungen vorher ankündigt. Auch Latias und Latios haben scheinbar vor dem Angriff auf sie solche Schreiben bekommen. Die beiden leben eigentlich auf dem Graskontinent, sind durch die Schreiben aber geflohenen und wurden im Windkontinent schließlich eingeholt. Ampharos erklärt Protagonist und Partnerin auch, bereits seit längerem in der Sache der Versteinerungen zu ermitteln. Bamelin, Scoppel, Flapteryx und Flunkifer werden nun gemeinsam an diesem Fall arbeiten, während Protagonist und Partnerin weiter die Weltkarte vervollständigen, Hinweise aber an Dedenne weiterleiten sollen.

Ein paar Tage später begrüßt Kramurx in Trubelstadt Miltank bei dessen Milchlieferung. Dabei entdecken beide jedoch auf dem Stadtplatz mehrere Zettel. Es handelt sich um Ankündigungsschreiben.

Kapitel 15: Ein weiteres Ankündigungsschreiben

Im Hauptquartier erfahren die Mitglieder des Pokémon-Forscherteams von den Schreiben. Dedenne liest eines vor und erzählt davon, wie Entei das nächste Pokémon werden soll, das versteinert wird. Dies wird sich laut Schreiber am Kliff der Entscheidung zutragen. Zuschauer müssen damit rechnen, ebenfalls versteinert zu werden. Die Pokémon diskutieren und am Ende entscheidet Ampharos, dass es mit Flunkifer, Flapteryx, Scoppel und Bamelin zusammen die Sache näher untersucht. Der Protagonist und die Partnerin hingegen sollen zu Hause bleiben, da es zu gefährlich für sie ist. Die Partnerin ist jedoch dagegen, da sie, nachdem sie Latios und Latias gesehen hat, nicht mehr tatenlos zusehen kann. Flapteryx versteht ihre Haltung und setzt sich für sie ein, weshalb Ampharos schließlich nachgibt, statt Flapteryx aber Flunkifer und Scoppel an ihre Seite stellt. Sie werden zu viert in einer anderen Route durch das Kliff der Entscheidung voranschreiten, als Ampharos, Bamelin und Flapteryx, während der Rest beim Hauptquartier bleibt.

Kurz vor der Spitze des Kliffs meint Flunkifer, jemanden bemerkt zu haben und es entdeckt, wie Rabigator gerade den Weg zurück läuft. Die Gruppe fragt sich zwar, was es am Kliff sucht, doch sie wollen weiter gehen, statt dies zu untersuchen. Allerdings entdecken sie eine Steintafel, die Rabigator verloren hat und in der Schriftzeichen eingemeißelt sind. Flunkifer nimmt die Tafel mit und sie gehen zur Spitze, wo sie sich versteckt voranarbeiten, um letztlich die Steinstatue von Entei zu entdecken. In diesem Moment erreicht sie Dedenne via Funk, dem sie die Situation schildern. Auch die Gruppe um Ampharos erreicht nun Enteis Statue und sie entscheiden sich, im Hauptquartier das weitere Vorgehen zu besprechen.

Zurück im Hauptquartier erfahren auch die anderen von Rabigators Anwesenheit und sie glauben, es könnte hinter den Versteinerungen stecken. Zudem erzählt Flunkifer von der Steintafel und möchte sie entziffern, um Informationen zu gewinnen. Ampharos stimmt zu und möchte, dass Bamelin und Flapteryx sich am nächsten Tag Rabigator vornehmen. Die beiden brauchen bis zum Abendessen, um zurückzukehren und erzählen, Rabigator zwar nicht gefunden zu haben, in seinem Zuhause aber ein unvollendetes Ankündigungsschreiben entdeckt zu haben. Auch Flunkifer kommt hinzu und erklärt, auf der Steintafel seien Aufzeichnungen über frühere Versteinerungen niedergeschrieben worden. Mehr Informationen ließen sich laut Tafel in den Alten Ruinen im Osten finden. Dort könnten sie auch herausfinden, wie sich die Versteinerungen rückgängig machen lassen. Ampharos entscheidet, am nächsten Tag die Ruinen zu besuchen. Am Abend sprechen der Protagonist und die Partnerin über die Versteinerungen und wollen am nächsten Morgen alles geben.

Am nächsten Tag fehlt Dedenne bei der Besprechung, aber Ampharos erklärt trotzdem, dass sie zu den Alten Ruinen aufbrechen werden. Bevor sie losgehen, kommt Dedenne angelaufen und erklärt, auf dem Weg jemanden getroffen zu haben, der Rabigator auf dem Weg nach Ruhenau gesehen hat. Ampharos ändert daraufhin den Plan und bildet zwei Teams. Eines wird Rabigator verfolgen und das andere die Ruinen erforschen. Da es ihre Heimat ist, werden der Protagonist und die Partnerin Rabigator zusammen mit Flapteryx verfolgen. Bamelin, Flunkifer, Scoppel und Dedenne gehen zu den Ruinen und sobald sie neue Erkenntnisse haben, soll Dedenne sie via Funk dem Protagonisten-Team weiterleiten. Dedenne erklärt zum Abschluss, sie sollen sich wegen weiterer Informationen mit Nasgnet austauschen, das Rabigator gesehen hat.

Beim Stadttor erzählt Nasgnet, Rabigator beim Zerklüfteten Gebirgspass gesehen zu haben. Es schien schlechte Laune zu haben und murmelte „Das wirst du mir büßen“. Die Truppe denkt, Ruhenau sei in Gefahr und laufen sofort aus der Stadt heraus.

Kapitel 16: Die versiegelte Quelle

In Ruhenau angekommen finden sie das übliche Dorfleben vor, bevor Psiau sie begrüßt. Psiau hat Rabigator noch nicht gesehen, doch bevor sie weiter reden können, kommt Blanas angelaufen und meint, es gäbe große Schwierigkeiten. Blanas ist überrascht, den Protagonisten zu sehen, doch hat keine Zeit für Begrüßungen, da sich ein fremdes Pokémon am Segensberg herumtreibt. Die anderen sind erschrocken, doch Blanas erklärt weiter, dieses Pokémon sei durch das Tor gebrochen und den Berg hinauf. Sie schließen, dass es Rabigator sein muss und begeben sich zum Segensberg. Obwohl Psiau zuvor gesagt wurde, es solle warten und bei ausbleibender Rückkehr der Gruppe per Telepathie Ampharos alles erklären, läuft es ihnen hinterher.

Am Tor zum Berg sehen sie die Zerstörung und laufen weiter und entdecken am zweiten Tor ebenfalls Zerstörung und besiegte Wächter-Pokémon. Nach Ebene zehn erreicht die Pokémon ein Anruf von Dedenne, das die Lage erfragt. Während sie sprechen, entdeckt Dedenne eine weitere Gruppe Pokémon und die Verbindung bricht plötzlich ab, weshalb der Protagonist und die anderen vermuten, es ist etwas passiert. Sie haben aber keine Zeit, ihre Freunde zu retten und müssen weiter den Segensberg besteigen. An der Spitze angekommen entdecken sie auf einer Lichtung eine leuchtende, halbdurchsichtige Pyramide, doch Rabigator ist nirgends zu sehen. Innerhalb der Pyramide sehen die Pokémon jedoch eine Quelle und an der Pyramide gibt es eine Steintafel, die dieselben Zeichen zeigt, wie die, die Flunkifer übersetzen sollte. Zur Verwunderung aller kann die Partnerin jedoch lesen, was dort steht und erzählt: „Um der Gefahr zu trotzen, einen Menschen ihr braucht. Nur ein Mensch die Kraft besitzt, das Siegel der Quelle zu brechen. Aus der Welt der Menschen jemanden ihr rufen müsst.“. Sie sehen zum Protagonisten, der immerhin ein Mensch war und Blanas meint, um ihre Welt zu retten, müsse er das Siegel der Quelle brechen. Flapteryx ist jedoch der Meinung, die Steintafel existiere bereits lange Zeit und versteht deshalb nicht, warum gerade jetzt für sie Gefahr bestehen soll. Die Pokémon erhalten erneut einen Anruf von Dedenne, das den Angriff von zuvor als Missverständnis deklariert. Die Pokémon, die sie angriffen, scheinen Wächter zu sein, die die Ruinen bewachen und dachten, sie seien Plünderer. Zudem haben die Pokémon der Ruine erzählt, es gäbe eine Möglichkeit, versteinerte Pokémon zurückzuverwandeln. Dazu benötigt man lediglich „Wasser des Lichts“, das von einem magischen Siegel am Segensberg geschützt wird. Die Gruppe am Berg ist geschockt und glaubt, vor diesem Wasser zu stehen. Flapteryx schließt, die Gefahr müssten die Versteinerungen sein, weshalb der Protagonist das Siegel brechen soll. Allerdings weiß er nicht, wie er dies machen soll, weshalb Blanas vorschlägt, die Barriere einfach zu berühren. Plötzlich erscheint jedoch Rabigator, das auf sie zu kommt und bei den Pokémon die Angst auslöst, versteinert zu werden.

In diesem Moment ertönen Stimmen, die Rabigator für Enteis Versteinerung verantwortlich macht. Suicune und Raikou erscheinen, die ihren Kameraden rächen wollen. Blanas will die Chance nutzen, das Siegel zu brechen, doch Rabigator lässt sich von den Legenden nicht aufhalten und schreitet weiter auf die Gruppe um den Protagonisten zu, wobei es sagt, sein Geld für die Abmachung erhalten zu wollen. Blanas drängt den Protagonisten weiter zum Brechen des Siegels, doch er zögert, bis er schließlich das Siegel angreift und zerbricht. Die Partnerin meint, damit Rabigator aufhalten zu können, doch eben jenes Pokémon versteht das nicht. Es ist am Berg, um die Entlohnung dafür zu erhalten, die Ankündigungsschreiben verteilt zu haben, wie Blanas ihm auftrug. Blanas zeigt nun sein wahres Gesicht und freut sich, dass das Siegel endlich gebrochen ist. Es attestiert Rabigator gute Arbeit und belohnt es, indem es mit dunkler Macht das Pokémon in Stein verwandelt. Geschockt realisieren die anderen, dass Blanas hinter den Versteinerungen steckt. Blanas möchte erklären, dass alles mit dem Verlust vom Gedächtnis des Protagonisten angefangen hat, doch bevor er weiter sprechen kann, wenden sich ihm Raikou und Suicune zu. Flapteryx meint, sie wollen zu viert Blanas angreifen, während der Protagonist das Quellwasser holen soll. Erneut ertönt eine Stimme, die eben dies nicht zulassen möchte, und Yveltal erscheint. Es will sich die Energie der Pokémon einverleiben und greift mit dunkler Energie an.

Unterdes wundert sich Dedenne, die anderen nicht erreichen zu können. Die Wächter der Ruinen, die sich als Megalon herausstellen, erscheinen nun bei ihnen und greifen sie ebenfalls mit dunkler Energie an.

Am Segensberg sind inzwischen alle Pokémon zu Stein verwandelt worden. Blanas und Yveltal sprechen darüber, dass das Wasser der Quelle ihre einzige Gefahr war, weshalb sie es sich nun einverleiben wollen, um unbesiegbar zu werden und den Planeten zu beherrschen.

Vom Segensberg aus zieht sich nun eine Wolke dunkler Energie über die Welt, was die Bewohner von Trubelstadt und Ruhenau als dunkle Wolken wahrnehmen. Ein Schatten von Yveltal erhebt sich am Himmel und erklärt, der Zerstörer und Weltenrichter zu sein. Yveltal will allen Pokémon der Welt die Lebensenergie aussaugen und die Welt ins Nichts befördern. Tatsächlich vollführt Yveltal mit seinen Schergen diesen Plan und alle Pokémon der Welt werden zu Stein verwandelt.

Einige Tage später erreichen Jirachi und Ampharos die Spitze des Segensbergs und finden neben den Statuen den leeren Quellsee vor. Ampharos macht sich Vorwürfe, während Jirachi erklärt, durch ihre neue Informantin wenigstens mehr Hinweise erhalten zu haben, auch wenn der Kontakt zum Team in den Ruinen abgebrochen ist. In diesem Moment erscheint Psiau und erklärt den Forschern, die es offensichtlich kennt, dass jeder Einwohner Ruhenaus zu Stein verwandelt wurde. Zwar haben sie momentan keine Idee, wie sie weiter vorgehen wollen, doch die drei Pokémon wollen gemeinsam eine Lösung finden.

Kapitel 17: Die Welt des Nichts

In der Welt des Nichts erwachen nun der Protagonist und die Partnerin. Sie sehen sich in dieser fremden Welt um und fragen sich, was geschehen ist. Schließlich kommen sie darauf, dass man in dieser Welt landet, wenn man versteinert wurde und wollen zusammen einen Weg hinaus finden.

Dabei durchqueren sie die Düstere Ödnis, bis sie in einer Höhle landen. Dort reagiert ihr Forscher-Gadget und sie erhalten einen Anruf von Dedenne. Das Elektro-Pokémon glaubt, bei ihnen in der Nähe zu sein und meint, sie sollen geradeaus weiter gehen. Dadurch landen sie bei Dedenne und Flunkifer, die erklären, bei den Alten Ruinen versteinert worden zu sein. Flunkifer erzählt, sie befinden sich in der Welt des Nichts, wo Pokémon landen, die versteinert wurden. Dies alles steht nämlich auf der Felswand, bei der sie sich gerade befinden, in alter Schrift geschrieben. Die Partnerin kann dies ebenfalls entziffern, was Flunkifer schockiert, da es selbst Stunden für die Entzifferung gebraucht hatte. Die Partnerin liest weiter, dass sie nicht gegen richtige Pokémon kämpfen, sondern Trugbilder, entstanden aus negativen Gefühlen wie Hass und Missgunst. Die Pokémon sprechen nun darüber, dass der Rest des Teams ebenfalls in dieser Welt sein muss, jedoch konnte Dedenne sie bisher nicht erreichen, da seine Funkwellen hier nicht so weit reichen. Zusammen wollen sie nun den Rest des Pokémon-Forscherteams finden und einen Ausweg aus der Welt des Nichts suchen.

Sie durchqueren gemeinsam die Abgrundtiefe Höhle und am Ende des Dungeon gelangen sie in einen Raum, in dem vorzeitliche Schriftzeichen eingemeißelt sind. Die Partnerin liest vor, dass die Dunkle Materie für die Versteinerungen der Pokémon verantwortlich ist. Sie entzieht Pokémon die Energie und wird dadurch stärker. Auch sollen sie sich vor den Schatten des Nichts hüten. Dedenne gelingt es nun, Kontakt zu den anderen aufzubauen und kurz darauf erscheinen auch Bamelin, Scoppel und Flapteryx bei ihnen. Nachdem sie sich auf den neusten Stand gebracht haben, beschließen sie gemeinsam weiterzureisen. Dabei werden sie von einem Haufen Dunkler Materie beobachtet.

Kapitel 18: Hoffnung

Nachdem die Gruppe das Abgelegene Felsgebiet durchquert hat, erreichen sie eine weitere Steintafel. Die Partnerin liest vor, dass sich irgendwo auf der Welt der Baum des Lebens befindet, der von der Dunklen Materie befallen ist. Dagegen muss etwas unternommen werden, doch mehr verrät die Tafel nicht. Flunkifer erzählt, der Baum ist die Quelle der Energie, die den Lebewesen ihre Existenz verdanken und die Verkörperung des Lebens. Die Partnerin glaubt, die Dunkle Materie und der Baum des Lebens könnten sich in der Welt des Nichts befinden. Flunkifer ist jedoch anderer Meinung und meint, sie sollten schnellstmöglich den Weg zurück in ihre Welt finden.

Plötzlich bemerkt die Gruppe, dass Bamelin und Scoppel fehlen. Sie entdecken Bamelin, doch Scoppel meldet sich hinter ihm und erklärt, es sei nicht das richtige Bamelin. Eine düstere Kreatur habe sich in Bamelin verwandelt, meint es, bevor Flunkifer Scoppel niederstreckt. Flunkifer erkennt in Scoppel eine Imitation, da es nicht wie üblich in der dritten Person von sich geredet hat. Scoppel verwandelt sich in Schatten zurück und drei weitere finstere Kreaturen erscheinen, die die Gruppe angreifen. Obwohl sie gewinnen, werden Bamelin, Dedenne und Flapteryx von der Materie verschlungen. Als auch der Protagonist attackiert wird, erscheinen die Legendären Bestien, die die Schatten vertreiben und mit dem Protagonisten, seiner Partnerin und Flunkifer verschwinden.

Nachdem sie sich in Sicherheit gebracht haben, erklären die Legenden, sie nur gerettet zu haben, damit sie ihnen helfen. Sie wissen, dass der Protagonist und die Freundschaftsschals die Fähigkeit haben, die Welt zu retten. Zudem haben sie erfahren, dass der Gipfel des Sphärenbergs offenbar mit ihrer Welt verbunden ist und dies demnach den Ausweg darstellt. Flunkifer sieht dies als beste Möglichkeit momentan an, diese Welt zu verlassen und in ihrer Welt nach weiterem Wasser des Lichts zu suchen, mit dem sie die Versteinerungen umkehren können. Obwohl die Legendären Bestien sehr unfreundlich und rabiat sind, wollen sie mit ihnen zusammen arbeiten, um den Gipfel des Sphärenbergs zu erreichen.

Auf der Zwischenebene des Berges entdeckt die Gruppe eine weitere Steintafel. Dort steht, dass auf dem Gipfel des Berges das Portal der Hoffnung wartet, mit dem man in seine Welt zurückkehren kann. Jedoch warten dort Schatten des Nichts auf einen Kampf. Zudem erklärt der Autor der Steintafel, zu warten, bis die Dunkle Materie zum Stillstand gekommen ist. Dies hängt mit dem Lauf der Sterne und dem Baum des Lebens zusammen. Außerdem wussten die Pokémon damals scheinbar, dass die Dunkle Materie wieder zurückkehren wird, was nun der Fall ist. Auf dem Gipfel entdeckt die Gruppe ein Schwarzes Loch im Himmel, aus dem Schatten des Nichts herausfallen. Die Legendären Bestien besiegen die Schatten, wodurch ein Lichtstrahl aus dem Schwarzen Loch erscheint, der ein Portal freigibt. Als aber weitere Schatten hervortreten, verschwindet das Portal wieder, weshalb die Gruppe glaubt, die Schatten bezwingen zu müssen, um das Portal lange genug freizugeben. Drei der Schatten verwandeln sich nun zu zwei Mega-Gengar und einem Mega-Despotar und beginnen einen Kampf. Das Portal öffnet sich nach einem Sieg, doch erneut treten Schatten hervor, die das Portal verteidigen. Die Legendären Bestien aktivieren schließlich einen Kampfschrei, der die Schatten zerstört, während Flunkifer den Protagonisten und die Partnerin vor das Tor stößt, damit sie hindurchgehen können, während die anderen Zeit schinden.

Zurück in der normalen Welt erkennen der Protagonist und die Partnerin, dass sie wieder zurück auf dem Segensberg sind. Sie erkennen auch, dass die Quelle auf dem Gipfel vollständig versiegt ist, weshalb sie erst einmal Ampharos finden wollen. Zurück in Ruhenau finden sie das Dorf verlassen vor, jedoch wollen sie nicht nach den Einwohnern suchen, da sie das von ihrer eigentlichen Mission ablenken würde. Sie dürfen keine Zeit verlieren und laufen deshalb weiter nach Trubelstadt. Während sie bemerken, dass die Sonne noch heißer scheint als sonst, erreichen sie Trubelstadt.

Kapitel 19: Der Planet in Gefahr

In der Stadt entdecken sie einige versteinerte Pokémon und auch vor dem Hauptquartier entdecken sie Flauschling in Stein. Innerhalb des Gebäudes entdecken sie Kecleon, Clavion, Echnatoll und Resladero, die Zuflucht gesucht haben. Sie erzählen, dass Yveltal der ganzen Welt eine Drohung ausgesprochen hat und sie alle in die Welt des Nichts befördern will. Protagonist und Partnerin geben ihnen Hoffnung, Yveltal aufhalten zu wollen, und suchen dann nach Ampharos und Jirachi, die im Gebäude sein sollen.

Statt Ampharos finden sie in seinem Büro aber Psiau, die sie freudig begrüßen und ihr von ihrer bisherigen Reise erzählen. Psiau erzählt, von Ampharos in dessen Pläne eingespannt worden zu sein und dass er mit Jirachi gerade unterwegs ist um Nachforschungen anzustellen. Auch erklärt sie, dass alle Bewohner Ruhenaus zu Stein verwandelt wurden, was die Partnerin dazu bringt, um ihren Opa weinend nach draußen zu laufen. Der Protagonist und Psiau sprechen über die Angst der Partnerin und meinen dann, schnell zum Baum des Lebens gehen zu müssen. Plötzlich hören sie ein Pokémon und entdecken in Jirachis Zimmer ein Megalon, mit dem der Protagonist und Psiau einen Kampf beginnen. Nach dem Kampf erscheint die Partnerin und gibt Megalon einen weiteren Schlag aus Rache für ihren Großvater. Megalon spricht nun und erklärt, auf der Flucht vor Blanas und Yveltal zu sein. Sie sind nicht mehr als Marionetten der Dunklen Materie, doch es konnte fliehen. Psiau glaubt dem Megalon, das auch meint, sie zum Baum des Lebens führen zu können. Er soll sich im Inneren der Alten Ruinen befinden, weshalb sie beschließen, dorthin zu gehen. Psiau bleibt allerdings zurück, um mit Ampharos Kontakt aufzunehmen.

Während der Protagonist, die Partnerin und Megalon mit Lapras zu den Ruinen reisen, spricht Psiau per Telepathie nicht mit Ampharos, sondern Blanas und erklärt ihm die Lage.

Kapitel 20: Die Alten Ruinen im Osten

Inmitten des Östlichen Meeres erreichen sie die Insel, die über eine Höhle zur Meeresgrotte führt, in der sich die Alten Ruinen befinden. Obwohl sie Megalon noch nicht vollständig vertrauen, begeben sich Protagonist und Partnerin mit ihm in die Meeresgrotte.

Von dort aus erreichen sie den Eingang der Alten Ruinen. Bevor sie allerdings hineingehen, fragen sie Megalon nach seinen Erinnerungen während der Zeit, als es unter der Kontrolle der Dunklen Materie stand. Die Partnerin will wissen, warum Blanas den Protagonisten an der Nase herumgeführt hat und erfährt, dass es daran liegt, woran sich der Protagonist erinnern könnte. Mehr will es momentan jedoch nicht sagen und so begeben sie sich in die Ruinen. Dort finden sie die Steinstatuen von Flunkifer, Bamelin, Scoppel und Dedenne, doch Megalon erklärt ihnen, keine Zeit für Trauer zu haben, da sie zum Baum des Lebens müssen.

Am Ende der Ruinen erkennt Megalon, dass sie tatsächlich in eine Falle getappt sind. Es erklärt, von Blanas die Information erhalten zu haben, dass sich der Baum des Lebens in den Antiken Ruinen befindet. Jetzt erkennt es, dass Blanas damals bereits gewusst haben muss, dass Megalon nicht mehr unter der Kontrolle der Dunklen Materie steht. Tatsächlich erscheint nun Blanas mit zwei weiteren Megalon und erklärt, der Baum sei tatsächlich woanders. Die Partnerin will wissen, warum Blanas sie so lange hinters Licht geführt hat und erfährt, dass das Megalon, welches sie begleitet, das Gedächtnis des Protagonisten gelöscht hat. Blanas erzählt weiter, dass sein Gedächtnis intakt war, als der Protagonist in diese Welt kam, doch beim Kampf gegen Blanas und die Megalon sorgte eines von ihnen für den Gedächtnisverlust. Danach kam Blanas auf die Idee, den Protagonisten hinters Licht zu führen, um an das „Wasser des Lichts“ zu gelangen. Eigentlich wurde er nämlich von einem urzeitlichen Pokémon in diese Welt gerufen, um sie zu retten. Dies hätte die Pläne von Blanas vereitelt, weshalb es sein Vertrauen gewonnen hat. So konnte Blanas ihn letztlich dazu bringen, das Siegel auf dem Segensberg zu brechen und die Quelle freizulegen. Jetzt braucht Blanas den Protagonisten aber nicht mehr, weshalb er ihn an diesen Ort gelotst hat, denn wenn man dort versteinert wird, landet man im tiefsten Winkel der Welt des Nichts. Blanas erzählt weiter, dass einer ihrer Freunde geholfen hat, diesen Plan auszuhecken, nämlich Psiau. Das kleine Pokémon kommt hinzu und erklärt, von Blanas erpresst worden zu sein und ihm deshalb geholfen zu haben. Nun wendet sich Blanas an das verräterische Megalon und meint, wenn es nun wieder zurückkehre, würde alles vergessen sein. Megalon entschuldigt sich, möchte aber nicht in der Welt des Nichts landen und nimmt das Angebot deshalb an. Blanas greift mit Dunkler Materie an, doch bevor der Protagonist und die Partnerin versteinert werden, kommen Ampharos, Jirachi und Celebi dazu, die die Attacke abwehren. Zusammen fliehen der Protagonist, die Partnerin, Ampharos, Jirachi und Psiau mit Celebis Hilfe aus der Situation und landen auf einer Insel im Süden.

Ampharos stellt den Kindern Celebi vor und erklärt, es helfe bei der Rettung der Welt. Die Partnerin erinnert sich, von Celebi gehört zu haben, dass es sich im Okkulten Hain aufhalten soll und dass Entei es gesucht hatte. Celebi erklärt, damals wohl auf einer Reise durch die Zeit unterwegs gewesen zu sein. Da der Schlüssel zur Lösung von allem in der Vergangenheit liegt, hat Celebi sich für Entei umgesehen. Jirachi erklärt weiter, dass, wenn der Baum des Lebens austrocknet, die Welt aufhört, sich zu drehen und sich der Sonne annähert, bis sie irgendwann von der Sonne verschluckt wird. Deshalb ist es bereits so heiß und die Sonne fühlt sich näher an als gewöhnlich. Ampharos meint, sie haben deshalb ihre Arbeit aufgeteilt und Psiau war dafür zuständig, weitere Informationen zusammenzutragen, weshalb es bei Blanas als Doppelagentin agiert hat. Des Weiteren möchte Ampharos jetzt auch dem Protagonisten und der Partnerin alles Weitere erzählen, was sie bis jetzt zusammen getragen haben.

Kapitel 21: Die Dunkle Materie

Ampharos erklärt, dass die Dunkle Materie aus dem Hass, Unmut und Schmerz der Pokémon besteht. All diese Gefühle fließen zusammen zur Dunklen Materie, die nun den Baum des Lebens befallen hat. Die Partnerin schließt, dass die Materie nie ganz verschwinden wird, was Ampharos bejaht. Vor langer Zeit hat der Lauf der Sterne die Materie zum Stillstand gebracht, doch sie wird nie ganz vergehen, weshalb sie momentan auch noch keine Ahnung haben, wie sie sie aufhalten sollen. Celebi erklärt weiter, dass der Planet sich in der Vergangenheit bereits einmal der Sonne näherte. Damals versuchten die Pokémon gemeinsam mit einem Menschen, diesen Prozess aufzuhalten. Celebi vermutet, dass der Protagonist dieser Mensch war, was sich allerdings momentan nicht beweisen lässt. Zusammen haben sie gekämpft, bis der Lauf der Sterne Wirkung gezeigt hat und die Dunkle Materie in Stillstand verfiel. Eines Tages jedoch würde sie wieder aufleben und den Planeten bedrohen. Deshalb haben die Pokémon von damals die Quelle mit dem „Wasser des Lichts“ versiegelt und die zwei Schals zurückgelassen, die Protagonist und Partnerin nun tragen. Die Schals sind laut Celebi von Mew erschaffen worden und bestehen aus einem Material, das aus dem Baum des Lebens stammt. Viele Generationen haben die Schals weitergereicht, bis die Partnerin schließlich in ihren Besitz kam. Keiner weiß, warum die Partnerin die Schals besaß, aber Celebi bestätigt, dass sie die echten Schals aus der Vergangenheit sind. Ampharos schließt auch, dass es Mew war, der den Protagonisten in diese Welt geholt hat. Es ist nur eine Theorie, doch sie vermuten, Mew habe den Protagonisten in diese Welt geholt, da er bereits einmal die Materie bekämpft hat und demnach in der Gegenwart helfen könnte. Leider hat er jedoch sein Gedächtnis verloren, weshalb es sehr wichtig wäre, wenn der Protagonist sich an irgendetwas erinnern könnte. Da dies aber nicht der Fall ist, wissen sie zumindest, dass die Schals damals im Kampf benutzt wurden und demnach der Schlüssel zum Sieg über die Dunkle Materie sein müssen.

Sie kommen nun zum Punkt, den Kampf beginnen zu müssen. Celebi hat sie auf diese Insel teleportiert, da sich hier der Baum des Lebens inmitten des Walds des Anfangs befindet. Am Ende des Waldes entdeckt die Gruppe den Baum des Lebens, der mittlerweile keine Blätter mehr trägt und fast verdorrt ist. In der Baumkrone entdecken sie die Dunkle Materie, weshalb sie schnell nach oben wollen. Bevor sie jedoch etwas tun können, werden sie von Blanas und den Megalon gestellt, die diesmal von Yveltal unterstützt werden. Plötzlich scheinen sie jedoch von schlimmen Schmerzen geplagt zu werden, die laut dem Megalon, das aus der Herrschaft der Materie befreit ist, bereits seit einer Weile die Pokémon beherrschen. Das befreite Megalon kann nicht mehr ertragen, die anderen in Schmerzen zu sehen und will ihnen helfen, doch Blanas verwandelt es in Stein. Sie greifen nun auch die anderen Pokémon an, doch eine Barriere beschützt sie, bevor sich erneut die Freundschaftsschals aktivieren und der Protagonist sowie die Partnerin eine Entwicklung durchführen. Celebi und Ampharos schließen, dass der Baum des Lebens ihnen diese Energie spendet und sie gerade vor einer Versteinerung beschützt hat, was bedeutet, es besteht noch Hoffnung für ihn. Deshalb beginnen die Pokémon nun einen Kampf gegen die Gruppe um Yveltal und können sie besiegen. Dadurch wird die Kontrolle der Dunklen Materie aufgehoben. Blanas, Yveltal und die Megalon fragen sich, was passiert ist, bevor sie plötzlich verschwinden. Die Gruppe um den Protagonisten fragt sich zwar, was geschehen ist, doch sie müssen weiter.

Plötzlich ertönen jedoch mehrere lachende Stimmen, die als eine Stimme sprechen und meinen, den Planeten verlassen zu wollen. Sie kommen darauf, dass die Dunkle Materie zu ihnen sprechen muss, bevor sich Risse im Boden auftun und der Baum des Lebens in den Himmel gehoben wird. Während dieses Prozesses verwandeln sich Protagonist und Partnerin zurück, weil der Baum sich von ihnen entfernt. Celebi kann sie durch die Interferenzen der Dunklen Materie auch nicht zum Baum teleportieren, weshalb die Partnerin versucht, über die herumfliegenden Felsen auf den Baum zu springen. Es schlägt jedoch fehl und auch Jirachi und Celebi können ihn fliegend nicht mehr erreichen. Die Dunkle Materie fliegt mit dem Baum immer höher und hüllt die Welt erneut in Finsternis, bevor sie sagt, dass der Baum und die Welt bald von der Sonne verschluckt werden. Die Materie meint, die Pokémon selbst sind für ihre Entstehung verantwortlich und haben das Verderben eingeleitet. Plötzlich ertönt ein Schrei und den Pokémon fällt auf, dass der Baum im Himmel stehen geblieben ist. Deoxys und Mega-Rayquaza stoppen den Baum vom weiteren Aufsteigen, während die Stimme von Arceus die Pokémon rund um den Protagonisten erreicht. Arceus erklärt, dass die Kräfte aller Pokémon der Welt gebündelt werden, um den Baum aufzuhalten. Pokémon mit Psycho-Kräften helfen genauso wie die fliegenden, die aus nächster Nähe unterstützen. Wenn sie zu nahe kommen, werden sie jedoch zu Stein verwandelt. Die Schals haben die Gruppe im Kampf gegen Yveltal beschützt, doch auf der Spitze des Baums wird das nicht mehr der Fall sein. Nur Pokémon im direkten Kontakt mit den Schals können in den Nahkampf übergehen. Sobald sie bereit sind, wird Arceus den Protagonisten und seine Partnerin deshalb zum Baum des Lebens teleportieren. Die beiden bedanken sich und erfahren von Psiau, dass Ampharos und Jirachi all die Pokémon in Bewegung gesetzt haben, um das Unheil aufzuhalten, nun jedoch der Rest in den Händen der beiden liegt.

Kapitel 22: Kampf in der Stratosphäre

Während die Pokémon um den Baum herum seinen Aufstieg verhindern, landen der Protagonist und seine Partnerin schließlich im Baum des Lebens. Sie leiden durch die Höhe an Atemnot, doch ihre Schals aktivieren sich und sie entwickeln sich erneut, wodurch sie auch Luft bekommen. Der Baum des Lebens schenkt ihnen Kraft, erklärt Arceus, und sie müssen sich von den Wurzeln bis nach oben durcharbeiten, wobei Trugbilder von Pokémon sie wahrscheinlich angreifen werden.

Nachdem sie die Wurzeln hinter sich gelassen haben, ertönt ein Beben von der Dunklen Materie aus und ein Schwall dunkler Energie greift die Pokémon an, die den Baum am Aufstieg hindern. Kurz darauf finden sie Blanas, die zwei Megalon und Yveltal, die von der Dunklen Materie im Zaum gehalten werden. Protagonist und Partnerin wissen, dass es womöglich eine Falle sein könnte, befreien aber dennoch die Pokémon aus der Materie. Blanas und die Megalon laufen sofort davon, während Yveltal sich fragt, warum sie es gerettet haben, wo es doch soviel Unheil gebracht hat. Protagonist und Partnerin wollen von dem Pokémon aber nur, dass es Blanas und die Megalon sicher zu Boden bringt, woraufhin das Legendäre Pokémon verschwindet.

Am Ende des Stammes wartet auf die beiden Kinder die Dunkle Materie, die sich wütend über die Anwesenheit der beiden zeigt und sie in ihre eigene Welt zieht. In dieser Welt, die dem All ähnelt, meint die Dunkle Materie, der Baum des Lebens sei kurz davor verschlungen zu werden und der Planet am Ende. Doch der Protagonist und die Partnerin wollen nicht aufgeben und für all die Pokémon, die ihnen vertrauen, die Dunkle Materie besiegen. Den Kampf gegen die Materie gewinnen sie, doch bevor sie den letzten Schlag setzen können, erlischt das Licht des Baums des Lebens. Die Materie kann sich dadurch regenerieren und Protagonist sowie Partnerin verlieren ihre Entwicklung. Die Macht der Dunklen Materie dringt auch in die Außenwelt und versteinert alle Legendären Pokémon, die den Baum am Aufstieg gehindert haben. Als die Materie Protagonist und Partnerin klar macht, dass sie verloren haben, erscheinen Yveltal, Blanas und die Megalon, die die Dunkle Materie angreifen, um wiedergutzumachen, was sie ihnen und der Welt angetan haben. Sie waren nicht stark genug, sich zu widersetzen, doch jetzt kämpfen sie. Die Dunkle Materie lässt jedoch erneut einen Schwall dunkler Energie los und versteinert ihre Angreifer. Protagonist und Partnerin wollen aber immer noch nicht aufgeben, was die Dunkle Materie jedoch nicht versteht, da alles, was sie vor der Versteinerung bewahrt, ihre Schals sind. Der Protagonist fragt sich tatsächlich, warum sie noch kämpfen, doch die Partnerin macht ihm klar, dass es sich immer noch zu kämpfen lohnt und so greift der Protagonist an. Viele Schläge richten keinen Schaden an, doch mit der Zeit ertönen die Stimmen aller versteinerten Pokémon, die den Protagonisten beschwören, nicht aufzugeben. Der unbeugsame Lebenswille treibt sie an und der Mut, den seine Freunde ihm geben, bringt den Protagonisten dazu, weiter anzugreifen. Auch die ganzen Pokémon, die der Versteinerung bisher entgangen sind, legen ihre Hoffnungen in ihn, den Frieden wiederherzustellen. Er kann auch ihre Stimmen hören und mehr braucht er nicht. Auch die Partnerin wird dadurch angetrieben und gemeinsam schaffen sie es, ein Stück der Materie zu zerstören, was dem Baum des Lebens wieder ein wenig Energie einhaucht.

Ein weiterer Kampf folgt und es gelingt dem Protagonisten und der Partnerin diesmal, die Dunkle Materie zu zerstören, sodass der Kern der Materie zu Tage tritt. Dort müssen sie angreifen, doch die Materie spricht erneut zu ihnen. Sie meint, wenn sie zerstört wird, wird all der Hass und die Missgunst wieder auf der Welt verteilt. Die negativen Gefühle werden wieder wachsen und stärker, bis eine zukünftige Generation erneut die Dunkle Materie heraufbeschwört. Der Protagonist versteht, dass durch die Zerstörung auch gleichzeitig die Wiederkehr der Materie eingeläutet wird, was die Partnerin jedoch in Kauf nimmt. Sie erklärt, dass sie alle Teil desselben Universums sind und jeder Hass und Missgunst in seinem Herzen trägt, jedoch jeder seine guten und schlechten Seiten hat. Beide Seiten sind Teil eines Ganzen, die Mischung, die jeden von ihnen ausmacht. Keine der Seiten kann abgelegt werden, weshalb auch die Dunkle Materie ihre Daseinsberechtigung hat. Die Partnerin akzeptiert dies und die Dunkle Materie löst sich vollkommen auf. Der Baum des Lebens beginnt zu leuchten und kehrt nun alle Versteinerungen wieder um.

Letztes Kapitel: Der erste Baum, die letzten Wolken

Der Protagonist und die Partnerin erwachen vor dem wieder in der Erde verankerten und vollständig genesenen Baum des Lebens. Sie freuen sich über die Farben des Baumes, als sich ein Licht aus den Wipfeln zu ihnen hinunterbewegt. Das Licht stellt sich als Xerneas heraus, das die Verkörperung des Baums des Lebens darstellt. Es erklärt, dass der Baum von ihnen gerettet wurde und die Dunkle Materie verschwunden ist. Die negativen Gefühle haben sich jedoch nicht verteilt, sondern in Wohlgefallen aufgelöst. Dadurch konnte die Kollision des Planeten mit der Sonne verhindert werden. Der Protagonist und die Partnerin freuen sich, tatsächlich die Welt gerettet zu haben, als Jirachi vom Himmel direkt zwischen sie stürzt.

Celebi kommt hinzu und scheltet Jirachi dafür, so schnell geflogen zu sein. Auch die beiden freuen sich über den Sieg und Xerneas erklärt, Arceus habe alle Pokémon über die Ereignisse informiert. Auch Ampharos und Psiau kommen nun hinzu und beglückwünschen sie für die Rettung der Welt. Über die Forscher-Gadgets meldet sich auch Dedenne, das erklärt, dass alle Versteinerungen aufgehoben wurden. Vor lauter Freude, dass es ihrem Opa gut geht, fängt die Partnerin an zu weinen, woraufhin sich alle auf den Heimweg machen, um in Trubelstadt mit Jubel empfangen zu werden.

Einige Tage später bedankt sich Ampharos vor dem Hauptquartier bei Psiau für ihre Hilfe und wünscht ihr sowie dem Protagonisten und der Partnerin, denen es Urlaub gewährt hat, eine gute Heimreise nach Ruhenau. Sie verabschieden sich vom Pokémon-Forscherteam und verlassen die Stadt, halten auf dem Berg vor der Stadt aber noch einmal inne. Psiau erklärt, damals kaum geglaubt zu haben, dass der Protagonist bereits einmal gegen die Dunkle Materie gekämpft hat und von Mew in die Gegenwart geholt wurde. Egal, ob er sich daran erinnern kann oder nicht, seine Bestimmung hat der Protagonist erfüllt. Der Protagonist denkt über diese Worte nach und fragt sich, was nun mit ihm passiert, da seine Bestimmung offenbar erfüllt ist. Er fragt sich, ob er diese Welt wieder verlassen muss, doch zuerst reisen sie zurück nach Ruhenau.

Dort angekommen treffen sie jedoch erst niemanden an, bis aus allen Ecken die Pokémon hinzukommen und sie willkommen heißen. Psiau erklärt, dass eigentlich auch Blanas zurückgekehrt sein muss, doch Karippas meldet sich und sagt, er habe das Dorf wieder verlassen, nachdem er sich bei allen entschuldigt hat. Ihm tue alles sehr leid, doch noch kann er dem Protagonisten nicht in die Augen schauen. Eines Tages wolle er aber ins Dorf zurückkehren. Daraufhin startet eine Feier für die Helden und alle im Dorf hören die Geschichte über die Wiederherstellung des Friedens. Spätabends löst sich die Gesellschaft schließlich auf und alle gehen nach Hause, abgesehen vom Protagonisten. Er nahm die Einladung seiner Partnerin an, bei ihr zu übernachten und denkt vor dem Schlafen noch einmal darüber nach, wie lange er wohl noch bleiben darf. Doch statt darüber nachzudenken, macht er sich viel lieber klar, dass er diese Welt gar nicht verlassen will und deshalb einen Weg finden muss, zu bleiben.

Am nächsten Morgen macht die Partnerin einen Spaziergang und erblickt dabei ein Licht auf dem Hügel mit dem großen Baum. Sie begibt sich dorthin und wird wenig später vom Protagonisten auch dort gefunden. Sie setzen sich zusammen unter den Baum und sehen sich die Wolken an, wie sie es bereits einmal getan haben. Der Protagonist erzählt der Partnerin bei dieser Gelegenheit, dass er glaubt, seine Bestimmung erfüllt zu haben und deshalb diese Welt verlassen zu müssen. Vor allem aber erzählt er, bleiben zu wollen. Die Partnerin hört ruhig zu und erklärt, auf den Hügel gegangen zu sein, weil sie ein Licht gesehen hat. Dieses Licht war Xerneas, das kam, um sie aufzuwecken und ihr ihre Erinnerung wiederzugeben. Die Partnerin erklärt, sich wieder daran zu erinnern, dass sie in ihrem früheren Leben Mew war. Zusammen konnten sie vor langer Zeit die Dunkle Materie besiegen, doch damals zerbarsten die negativen Gefühle und verteilten sich auf der Welt. Sie haben damals nicht geschafft, wahrhaft zu gewinnen, weshalb Mew seine Seele in die Zukunft schickte und als Partnerin wiedergeboren wurde. Dass der Protagonist sein Gedächtnis verloren hat, lag auch nicht an den Megalon, sondern daran, dass Mew sie gelöscht hat, weil er es so wollte. Sie hatten alles vorbereitet, wie das „Wasser des Lichts“, doch wenn sie sich auf Altbekanntes verlassen würden, wäre das Ergebnis nur dasselbe wie zuvor. Die Dunkle Materie konnte erst vergehen, als die Partnerin sie akzeptiert hatte. Ein Teil der negativen Gefühle steckten in Mew und Mew ist Teil der Partnerin, weshalb sie sich selbst vergeben musste, damit die Materie verschwinden konnte. Diese Welt zu retten ist demnach nicht die Bestimmung des Protagonisten, sondern der Partnerin. Plötzlich erstrahlt sie in Licht und erklärt, dass sie eine letzte Bitte an Xerneas hatte. Eigentlich sollte sie zuvor bereits verschwinden, bat jedoch um Zeit, um mit dem Protagonisten alles zu klären. Sie will ihn nicht verlassen und zeigt sich traurig, doch die beiden verabschieden sich, bis die Partnerin in gleißendem Licht verschwindet.

Epilog

Einige Zeit später arbeitet der Protagonist noch beim Pokémon-Forscherteam, doch die Partnerin ist fort. Er ist traurig, ohne sie zu sein, will seine Arbeit aber nicht darunter leiden lassen. Bevor er sich dann aufmacht, glaubt er, beobachtet worden zu sein. Nach der Arbeit trifft Ampharos den Protagonisten am Strand und spricht ihn darauf an, in letzter Zeit sehr nachdenklich zu sein. Er versteht, dass der Protagonist wohl oft an die Partnerin denkt, meint aber auch, sie könnte vielleicht zurückgeholt werden. Dies hält Ampharos zumindest für möglich, solange der Protagonist den Freundschaftsschal trägt. Ampharos erzählt von einem Pokémon, das sowohl die Vergangenheit als auch die Zukunft sehen kann, nämlich Xatu. Es lebt in den Seelendünen auf dem Sandkontinent und kann vielleicht helfen, weshalb der Protagonist es besuchen sollte.

Tatsächlich trifft der Protagonist auf Xatu, das ihn unterstützen wird, weil er die Welt gerettet hat. Es sieht sich den Freundschaftsschal an und sieht Mew im Geheimnisdschungel auf dem Graskontinent. Dort soll er die frühere Verkörperung seiner Partnerin finden, weshalb der Protagonist sofort geht. Nachdem er verschwunden ist, sagt Xatu, dass der weitere Besucher sich nicht zu verstecken braucht.

Nachdem der Protagonist den Geheimnisdschungel durchquert hat, trifft er tatsächlich auf Mew, das sich jedoch nicht an ihn erinnern kann. Der Protagonist erzählt seine Geschichte, doch Mew versteht gar nichts, weshalb er wieder gehen möchte. Mew folgt ihm jedoch, weswegen sie gemeinsam zurück nach Trubelstadt zum Hauptquartier gehen. Dort erklärt der Protagonist dem Rest des Teams die Situation und Ampharos beschließt das Mysteriöse Pokémon vorerst zum Assistenten des Protagonisten zu ernennen.

Nach der Arbeit am nächsten Tag freut sich Mew über die neue Beschäftigung und freut sich, helfen zu können. Die Art von Mew erinnert den Protagonisten dabei an seine Partnerin. Nach einigen Aufträgen sprechen die beiden erneut über die Partnerin und Mew hofft für den Protagonisten, dass sie wiederkommen wird.

Einen Tag später wacht der Protagonist nach dem Schlaf nicht im Hauptquartier auf, sondern unter dem Baum auf dem Hügel von Ruhenau. Er ist verwirrt und versucht sich zu erinnern, weiß jedoch nicht, wie er dorthin gekommen ist. Auf dem Dorfplatz erinnert sich der Protagonist daran, dass es Mew nicht gut ging, weshalb er sofort nach Trubelstadt zurück möchte. Dort angekommen findet er Mew allerdings nicht im Hauptquartier vor. Jedoch kommen wieder Erinnerungsfetzen zurück, wonach sie Xatu zum Hauptquartier gerufen hatten, welches meinte, Mew stünde unter dem Einfluss der Dunklen Materie. Es erklärte, dass die Materie nicht vollständig verschwunden sein und noch ein kleiner Teil in Mews Körper lebt. Der Protagonist dachte daraufhin, der Ausblick vom Hügel bei Ruhenau würde ihm guttun, weshalb sie dorthin aufbrachen. Auf dem Hügel verschwand Mew dann plötzlich und der Protagonist wurde nach einem Schlag auf den Kopf ohnmächtig. Ampharos und Flunkifer kommen hinzu und fragen, wo Mew sei, weshalb der Protagonist ihnen alles erzählt. Die beiden Pokémon zeigen ihm daraufhin einen Brief, der zuvor ankam und der beschreibt, dass eine Gruppe namens „die Friedenshüter“ Mew entführt hat und in die Höhle der Läuterung brachte, damit sie die Dunkle Materie endgültig auslöschen können. Ampharos schickt den Protagonisten los, Mew zu retten und er begibt sich zur Höhle der Läuterung.

Am Ende der Höhle trifft der Protagonist überraschenderweise auf Blanas und die Megalon, die die Dunkle Materie endgültig vernichten wollen. Der Protagonist versteht sie, kann Mew aber nicht so einfach sterben lassen. Mew beginnt nun zu leuchten und verschwindet langsam, was der Protagonist nicht noch einmal mitansehen kann. Durch die Erinnerung an seine Partnerin und Mew, beginnt sein Schal zu leuchten und sich in eine Kugel voll Licht aufzulösen, die mit dem Licht verschmilzt, das Mew abgibt. Aus dem Licht heraus erscheint nun die Partnerin, was alle überrascht. In diesem Moment erscheinen auch Ampharos, Flunkifer und Xatu, die erklären, alles eingefädelt zu haben, da Xatu bereits vorhersah, dass die Partnerin in Mew eingeschlossen war. Dass es Mew immer schlechter ging, lag demnach auch daran, dass die Partnerin in ihm weitergelebt hat. Kurz nachdem Ampharos das von Xatu erfahren hat, kamen Blanas und die Megalon, da sie sich gegenüber dem Protagonisten schuldig fühlten. Zusammen entwarfen sie diesen Plan, die Partnerin zurück in diese Welt zu holen. Nachdem der Protagonist und die Partnerin nun wieder vereint wurden, begibt sich Mew zurück in den Geheimnisdschungel, während Blanas sich mit den Megalon wieder in Ruhenau niederlässt. Der Protagonist und die Partnerin hingegen folgen nun ohne ihre Freundschaftsschals weiter ihrer Arbeit im Forscherteam.

Einen Tag später erzählt Ampharos den beiden von den Schätzen der Welt und möchte, dass die beiden sie finden, weshalb es seinen Forscher-Gadgets die Funktion hinzufügt, die Schätze aufzuspüren. Auch erklärt Ampharos, dass ab nun alle Mitglieder des Teams zur Verfügung stehen, ihnen in Dungeons zu helfen und sie alle verbinden sich mittels der Connexussphäre.