Der Turm der Erkenntnis liegt nördlich der Stadt Yantara City auf einer vom Meer und einer hohen Mauer umgebenen Halbinsel und soll mit der Mega-Entwicklung in Verbindung stehen. Neben dem Turm befinden sich noch einige weitere mittelalterlich anmutende Gebäude sowie einige Bäume auf der Insel, deren Erscheinungsbild offensichtlich an Le Mont-Saint-Michel angelehnt ist.
Der Turm befindet sich laut Combre genau an der Stelle, wo der erste Trainer einen Schlüssel-Stein und einen Lucarionit fand, sodass an diesem Ort die erste Mega-Entwicklung vollführt wurde.
Wie in den Spielen liegt der Turm im Meer und ist erst erreichbar, wenn sich das Meer teilt und ein Weg sichtbar wird. Er ist sehr hoch und hat viele Etagen, die mit Wendeltreppen miteinander verbunden sind. Es gibt dort viele Räume und somit auch genug Schlafzimmer für Besucher. Der Boden der Aufstiegsmöglichkeit ist mit dunkleren Steinen dekoriert, die die Helixform der DNA bilden. Auf der Terrasse gibt es eine riesige Mega-Lucario-Statue.
Im Manga
Der Turm der Erkenntnis erscheint erstmals während Spezial-Episode 3, als Connie und Combre dort miteinander sprechen. Der Turm ist dabei wie in den Spielen aufgebaut und beherbergt eine große Statue von Lucario in der Mitte des Gebäudes. Als Connie und Combre von Esprit angegriffen werden, trennt diese die beiden voneinander, um Combre die Geheimnisse der Mega-Entwicklung, der Mega-Steine und der Schlüssel-Steine zu entlocken. Im Endeffekt gelingt es Connie und Combre jedoch, den Selbstzerstörungsmechanismus des Turms an der Statue von Lucario auszulösen, um sich zu retten. Während der Turm kollabiert und in sich zusammen bricht, können Connie und Combre schließlich vor Esprit fliehen.