In der Inschrift einer Antiken Tafel wird Lugia als die Bestie des Meeres bezeichnet. Der Pokémonsammler Lawrence III. möchte Lugia fangen, da es äußerst selten ist. Die drei Schätze in der Legende deutet er als Arktos, Zapdos und Lavados. Er sieht sich selbst als den Auserwählten an und beschließt deshalb die drei legendären Pokémon zu fangen, um dann Lugia zu fangen.
Es gelingt ihm sogar recht mühelos Zapdos und Lavados zu fangen, doch durch Ashs, Mistys, Traceys und Team Rockets Hilfe können die Pokémon befreit werden. Daraufhin entbrennt der Kampf, vor dem in der Legende gewarnt wird, woraufhin sich auch Lugia zeigt.
Während des Kmapfes schützt Lugia Ash, den wahren Auserwählten, vor den Angriffen der legendären Pokémon. Dieser sammelt die Glaskugeln von der Insel des Eises, der Insel der Blitze und der Insel des Feuers und bringt sie zum Schrein auf Shamouti. Dabei kann Lugia allerdings von Lawrence III. gefangen werden, woraufhin dieses wütend wird und die Reste des abgestürzten Flugzeuges zerstört. Mit der Hilfe des Liedes, das von Melody gespielt wird, kann sich Lugia erholen. Am Schrein werden die Kugeln dann aktiviert und unterstützen zusammen mit Lugias Lied dieses bei der Besänftigung der Pokémon, sodass wieder Frieden einkehren kann.
In Hoopa und der Kampf der Geschichte
In Pokémon – Der Film: Hoopa und der Kampf der Geschichte wird es als erstes Pokémon von Hoopa gerufen und beschützt Ash, Pikachu und Hoopa vor dem entfesselten Hoopa. Jedoch gelingt es dem entfesselten Hoopa, Lugia in einen seiner Ringe zu locken und wieder zurück in einen Ozean zu schicken.
Weitere Auftritte
Wie in der Reise von Ash, Rocko und Misty bekannt wird, gibt es ein weiteres Lugia auf den Strudelinseln. Dort ranken sich Legenden um Lugia und dessen Silberflügel. Unter anderem beschützte es einst die Matrosen eines sinkenden Schiffes. Der hinterlassene Silberflügel ist auch Touristenattraktion auf der Silber Rock Insel. Aus dem Ausspruch „ein solches wie auf den Orangen-Inseln“ kann man schließen, dass es sich um ein zweites Exemplar handelt.
Auf der Suche nach dem mysteriösen Pokémon, welches sie in Mitten im Strudel! sehen, kommen die Trainer zu den Ogi-Inseln, wo sie mit Richie und Luka auf den Jungen Oliver und dessen Freund Silver - ein Baby von Lugia - treffen. Auch mit der Mutter machen die Trainer Bekanntschaft. Team Rocket kennt Lugias Aufenthaltsort und Butch, Cassidy und Professor Namba wollen im Zuge des Pokémon-Power-Intensivierungs-Projekt Lugia fangen. Durch einen Hinterhalt fangen sie zunächst Silver und dann dessen Mutter. Dank den Trainer kann es aber entkommen und besiegt Team Rocket. Am Ende verlässt es samt Kind die Ogi-Inseln um einen sicheren Ort für die Aufzucht zu finden.
Von Das Comeback von Butch und Cassidy über Lugia in der Falle bis Versprochen ist versprochen! hat Lugia seinen Auftritt. Es besitzt ein Junges, in dessen Nähe es sich immer befindet. Es sorgt sich sehr um den Nachwuchs. Als Team Rocket dessen Kind fängt, wird es sehr wütend und leuchtet rot. Da der Silberflügel eine Feder aus seinem Federkleid ist, leuchtet dieser ebenfalls rot.