Sobald es ausreichend geschwächt ist, zerstört es einen Felsen und legt somit eine Höhle frei, aus welcher es vom Geheimgewürz frisst und neue Stärke gewinnt. Pepper erscheint und es kommt zum gemeinsamen Kampf gegen den Herrscher. Sobald dieser bezwungen und vertrieben wurde, gehen Pepper und der Hauptcharakter in die Höhle. Das Herrscher-Pokémon kann zu einem späteren Zeitpunkt mit dem zugehörigen Herrscher-Zeichen gefangen werden. In der Höhle findet sich ein Bitteres Geheimgewürz. Aus diesem stellt Pepper ein Sandwich her. Das Legendäre PokémonKoraidon in Pokémon Karmesin bzw. Miraidon in Pokémon Purpur verlässt seinen Pokéball und will das Sandwich haben. Nachdem der Hauptcharakter seines an das Pokémon abgegeben hat, erlernt dieses die Reittechnik Wellenreiten. Dies ermöglich dem Legendären Pokémon den Formwechsel zu Koraidon (Schwimmgestalt) bzw. Miraidon (Wassermodus).
a.) Wenn dies das erste Herrscher-Pokémon war: Pepper will aufräumen. Sobald der Hauptcharakter die Höhle verlassen hat, spricht er „Okay, sie sind weg. Du kannst jetzt rauskommen.“
b.) Wenn dies das zweite Herrscher-Pokémon war: Nachdem das Legendäre Pokémon die Reittechnik erlernt hat, will es sich weitere Nahrung vom Teller holen, was Pepper stark missfällt. Er rückt mit der ganzen Geschichte raus und ruft Mastifioso hervor und füttert es mit seinem Sandwich. Nach vielen Recherchen ist Pepper in Pokémon Karmesin im Labor seiner Mutter auf das Karmesinbuch bzw. in Pokémon Purpur im Labor seines Vaters auf das Purpurbuch gestoßen, mit welchem er die Verletzungen seines Pokémon heilen will.
c.) Wenn dies das dritte Herrscher-Pokémon war: Da Mastifioso nun bekannt ist, holt Pepper es hervor und füttert es ebenfalls mit einem Sandwich. Es erholt sich weiter und hat wieder etwas Stimme.
d.) Wenn dies das vierte Herrscher-Pokémon war: Pepper bemerkt, dass das Legendäre Pokémon einiges an Kraft zurückbekommen hat, allerdings dennoch nicht die Form wechselt und vermutet eine Blockade.
e.) Wenn dies das fünfte Herrscher-Pokémon war: Pepper füttert das Sandwich an sein Pokémon. Nach einem kurzem Moment erhebt sich Mastifioso und bringt seinem Trainer den Pokéball als Zeichen, dass es „Ball spielen“ möchte.
Beim Verlassen der Höhle informiert die als Professor Antiqua bekannte Person in Pokémon Karmesin bzw. als Professor Futurus bekannte Person in Pokémon Purpur, dass das Legendäre Pokémon nun über Wellen reiten kann. Wenn es das letzte Herrscher-Pokémon war, kontaktiert die Person den Hauptcharakter bereits in der Höhle und informiert, dass das Pokémon bis auf seine Kampfkraft all seine ursprünglichen Kräfte wiedererlangt hat und nun über Wellen reiten kann. Die Person bemerkt Peppers Stimme und bittet ihn zusammen mit dem Hauptcharakter zum Leuchtturm-Labor am Cucharico-Pfad zu kommen. Widerwillig tut Pepper der Person den Gefallen und fragt sich, ob diese Person „es“ wirklich war.
a.) Bei keinem Team Star-Boss: Sobald sich der Hauptcharakter dem Versteck der Unlicht-Mitglieder (Versteck der Segin-Bande) nähert, erhält dieser einen Anruf von Cassiopeia, welche damit „Operation Stardust“ einläutet. Anschließend erscheint ein seltsam gekleideter Akademieschüler, der sich als Leval vorstellt. Dieser behauptet ein Kumpel des Hauptcharakters zu sein und ebenfalls eine Rechnung mit Team Star offen zu haben. Cassiopeia erläutert die Aufgabe. Diese besteht darin die einzelnen Bosse zu besiegen und damit vom Thron zu stoßen. Entsprechend des Team Star-Kodex müssen die Bosse sich jeder Herausforderung stellen und bei Niederlage ihr Amt samt ihres Team-Ordens abgeben. Während der Hauptcharakter in das Versteck über den Haupteingang eindringen soll, übernimmt Leval die Aufgabe Wache zu schieben. Cassiopeia beendet das Gespräch und der Hauptcharakter spekuliert über die wahre Identität von Leval.
b.) Bei einem Team Star-Boss: Sobald sich der Hauptcharakter dem Versteck der Unlicht-Mitglieder (Versteck der Segin-Bande) nähert, trifft dieser auf Leval, welcher sich bedankt, ein Teil von Operation Stardust sein zu können. Leval will die Rätsel um Team Star ergründen. Es gibt Gerüchte über Mobbing und einen geplanten Angriff auf die Akademie. Jedoch sieht Leval bisher die Problematik in der langen unentschuldigten Fehlzeit im Unterricht. Die fünf Bosse Pinio, Irsa, Shugi, Otis und Rioba fehlen bereits seit über einem Jahr, weshalb Leval Team Star um Auflösung gebeten hat. Das Smart-Rotom des Hauptcharakters klingelt und Cassiopeia meldet sich. Leval flüstert, dass diese ein andermal weiterreden und geht. Cassiopeia erläutert die Aufgabe, welche aufgrund des ersten Sieges schwieriger werden wird und verabschiedet sich wieder.
c.) Bei zwei Team Star-Bossen: Sobald sich der Hauptcharakter dem Versteck der Unlicht-Mitglieder (Versteck der Segin-Bande) nähert, trifft dieser auf Leval, welcher das Gespräch von neulich fortsetzen will. Er verfolgt dasselbe Ziel wie Cassiopeia: die Auflösung von Team Star. Dazu benötigt dieser weitere Informationen und unterstützt deshalb den Hauptcharakter wie bei den bisherigen Team-Star-Bossen.
e.) Bei vier Team Star-Bossen: Sobald sich der Hauptcharakter dem Versteck der Unlicht-Mitglieder (Versteck der Segin-Bande) nähert, erhält dieser einen Anruf von Cassiopeia, dass nun das letzte Versteck bevorsteht. Nach ein paar Worten kommt Leval hinzu. Die Stimme am Smart-Rotom gibt einige Details zum Big Boss. Sobald diese das Gespräch beendet hat, wechselt der Hauptcharakter noch ein paar Worte mit Leval, der diesen bittet im Versteck nicht zu sehr zu eskalieren und geht wieder.
In einem Pokéball unter dem alleinstehenden Windrad auf der begrünten Anhöhe bei der Klippe im Westen, höhergelegen als die drei anderen Windräder in der Nähe
Purpur und Pepper befinden sich in Auftritt von Team Star in der westlichen Zone 1, um dort Pokémon für den Kampf gegen Eisenrad zu fangen. Purpur fängt für Pepper ein Halupenjo, was er gegen Mastifioso tauscht. Pepper fängt mit diesem Pokémon ein Olini für Purpur und sie tauschen Olini gegen Mastifioso. Auch Direktor Clavel befindet sich dort, um nach Rüpeln von Team Star Ausschau zu halten und bemerkt dabei Purpur, der gegen ein Flattutu kämpft.
In diesem Moment fahren zwei Rüpel auf Mopex an ihnen vorbei und kesseln Cosima in einer Sackgasse ein. Purpur, der dachte, dass das ein Rennen ist, verfolgt sie und befreit Cosima mit einem Pokémon-Kampf gegen die Rüpel aus der misslichen Lage.