Die Flare-Geheimbasis ist ein Versteck des Team Flare, welches sich unter Cromlexia befindet. Beim ersten Besuch von Cromlexia ist diese allerdings nicht besuchbar, da sie noch unter Steinen vergraben ist. Sie wird nur durch einen Team Flare Rüpel angedeutet, der in dem Steinhaufen verschwindet. Betreten werden kann die Flare-Geheimbasis erst nach dem Erhalt des 7. Ordens und der Aktivierung der ultimativen Waffe durch Xeros. Unter anderem sind dort Xerneas und Yveltal, die Legendären Pokémon der Kalos-Region anzutreffen. Nachdem Flordelis erstmals besiegt wird, fordert dieser den Protagonisten später nochmals heraus. Im letzten Kampf trägt sein Garados den Garadosnit und führt eine Mega-Entwicklung durch.
Die Flare-Geheimbasis hat nur einen kurzen Auftritt in PG16. Dort wird diese von Flordelis betreten, während zahlreiche Team Flare-Forscher im Vorder- und Hintergrund beschäftigt sind. Im Zentrum der Basis begutachtet der Boss von Team Flare den Kokon Yveltals, den seine Mitarbeiter erst kürzlich gefunden haben. Im Anschluss plant er von dort aus seinen Plan einer neuen, schönen Welt in die Realität umzusetzen.