Das Labor ist die Heimat einiger Wissenschaftler und deren Familien. Unter anderem leben der Protagonist Michael, seine kleine Schwester Sina und seine Mutter Yolanda an diesem Ort. Der Hauptcharakter hat sein Zimmer in der unteren Etage im linken Gebäude und sollte man einmal besiegt werden, so startet man stets an diesem Ort wieder. Im Laufe der Geschichte wird man hier oft herkommen müssen, um entweder neue Informationen oder aber wichtige Items zu erhalten.
Professor Klein entwickelt in der unteren Etage des rechten Gebäudes mit seinem Team den Cryptorbis, eine neue Maschine, mit deren Hilfe man die Herzen der Crypto-Pokémon öffnen kann, ohne mit ihnen kämpfen zu müssen. Des Weiteren bekommt man den wohl wichtigsten Ball des Spiels im Pokémon-Hauptlabor, den Meisterball.
Im rechten Gebäude findet sich außerdem in der oberen Etage ein Kampfsimulator, in welchem man auch das Spiel beginnt. Hier hat man die Möglichkeit, in verschiedenen Situationen (also auch mit fremden Pokémon) gegen Gegner anzutreten.