Die ersten 23 Ebenen zählen zur regulären Magmahöhle. Anschließend kann der Spieler das Spiel speichern und in die Magmahöhlentiefe vordringen, auf deren dritter Ebene der Bosskampf gegen Groudon stattfindet. In Retterteam DX gibt es keine Magmahöhlentiefe und alle 26 Ebenen zählen dort zusammen, wobei die letzte die Bossebene ist. Wie in allen anderen Dungeons auch, erwarten den Spieler hier später zahlreiche Aufgaben. Groudon ist nach Ende der Hauptgeschichte rekrutierbar.
Als der Protagonist auf dem Gipfel des Klirrbergs von Vulnona erfährt, nicht der Mensch aus der Vulnona-Legende zu sein, kommt es zu heftigen Erdstößen. Vulnona befürchtet Groudons Erwachen, woraufhin Team ACTs Anführer, Simsala, entscheidet, loszuziehen, um Groudon aufzuhalten. Nachdem Simsalas Team nach einiger Zeit noch immer nicht zurückgekehrt, macht sich Sorge auf dem Pokémon-Platz breit. Turtok, Octillery und Geowaz schließlich formieren ein neues Team, um Team ACT zu retten. Wenig später jedoch kehren diese vernichtend geschlagen aus der Magmahöhle zurück, womit Simsalas Rettung nun am Protagonisten liegt. Team ACT findet der Protagonist am Ende der Magmahöhlentiefe auf. Glurak und Despotar sind besiegt, Simsala kämpft bis zuletzt, doch kann Groudon auch nicht standhalten.
Die Magmahöhle kommt in Chapter 6 aus Pokémon Mystery Dungeon: Ginji’s Rescue Team vor. Hier erreicht Gengar die Höhle, um Groudon aufzuwecken. Dadurch sorgt es für sehr viel Unruhe. Team ACT, Ginji und Hydropi erreichen ebenfalls die Höhle und fangen an, Groudon zu bekämpfen. Als Gengar seine Fehler realisiert, gliedert er sich unter die Helden und bekämpft Groudon mit ihnen. Auch viele Freunde von Ginji unterstützen die Pokémon bei ihrem Kampf. Mit vereinten Kräften können sie Groudon bekämpfen und die Welt retten.
Der Dungeon der Magmahöhle bis U7 in Pokémon Mystery Dungeon: Team Blau und Team Rot
Der Dungeon auf Ebene U8-U17 in Team Blau und Team Rot
Der Dungeon auf Ebene U18-U23 in Team Blau und Team Rot
Der Dungeon bis U7 in Pokémon Mystery Dungeon: Retterteam DX
Der Dungeon auf Ebene U8-U23 in Retterteam DX
Der Dungeon der Magmahöhlentiefe in Retterteam DX
