Nachdem das Wunder-Ei vom Ringmeer zurück zur Tohaido-Klippe gebracht wurde, wird einige Zeit danach ein Manaphy aus dem Ei schlüpfen, welches einen Handlungsstrang freischaltet und sich nach dem Epilog dem Team anschließen wird.
Trotz, dass das Wunder-Ei nicht außerhalb von seiner Spawn-Ebene benutzt bzw damit interagiert werden kann, hat es einen einprogrammierten An- und Verkaufswert. Ebenso ist es theoretisch nicht möglich das Wunder-Ei einzulagern. Es macht in der Theorie 1 KP Wurfschaden.