Die Omega-Höhle ist eine stillgelegte, zur Besichtigung freigegebene Mine der Kalos-Region, wobei der kalte Wind, der durch die Höhle zieht, Touristen gelegentlich schon einmal vor Ungemach erschaudern lässt, zumal aus den hintersten Kammern merkwürdige Geräusche zu kommen scheinen. So ist die erfolgreiche Verbreitung des Mythos, hier verstecke sich seit geraumer Zeit ein Ungeheuer, nicht verwunderlich. Wer entgegen aller Gerüchte dennoch eine tiefere Expedition in die Omega-Höhle wagt, bekommt seltene Pokémon zu Gesicht und entdeckt mitunter wahre Goldschätze. Im hintersten Raum ruht Zygarde, eins der Legendären Pokémon der Kalos-Region.
Erstmals erwähnt wird die Omega-Höhle in Von A bis Z!, als SawyerAsh den Weg zu seinem letzten Arenakampf in Fractalia City zeigen will. Hierauf zeigt Serena den anderen einen Ausschnitt aus ihrem Reiseführer, der die Omega-Höhle zeigt, worauf Blobby ziemlich aggressiv reagiert.
Die Omega-Höhle von innen
In Konfrontation in der Omega-Höhle! erreichen Ash und die anderen mit Blobby die Höhle, deren Gestein leuchtet und in der viele wilde Pokémon leben. Inmitten der Höhle nimmt Zygarde ein Bad in einem unterirdischen See. Dort kommt es zum Kampf gegen Team Flare. Blobby wird dabei von den Kindern getrennt.